2000年中华民国总统大选
政治背景
**就职民选总统以后，动念改革，时*开始与新党合流，在立法院及国民大会中准备联手合作。例如新党与*在立法院立法院长选举中联手合作，*党主席施明德以一票之差败给国民党的候选人，跑掉的这一票更是**的子弟兵*立委张晋城。**於是要新当选副总统的连战，继续出任行政院长，被*等立委指责违宪。在志愿就想当总统的许信良再次出任*主席以后，**召开国家发展会议。
会议中，**以冻结台湾省政府选举，虚级化台湾省政府功能来与*交换行政院长不需要由立法院同意，只由总统任命即可。连战终於能退下火线，但同时招来台湾省长**的强大反弹。1997年，国民大会通过第四次增修条文，正式落实国发会的决议，立委萧万长出任行政院长，年底国民党於县市长选举中受到惨败。
1998年，台北高雄市长兼立法委员选举，国民党夺回台北市，但同时失去了高雄市。立法院仍维持简单多数。
1999年，国民党总统提名初选，连战获得提名，而**决定独自参选总统，*的卸任台北市长**得到总统提名，许信良脱党参选。新党提名作家李敖参选。
国民党
自**连任以后，国民党中生代的接班竞争日渐激烈。由於连战已当选副总统，理应卸下行政院长一职。但**考量立法院的席次以及中生代抢位置的问题，决定由连战续任行政院长，当然，传有“极具代表性的中生代重量级人士”同意此说，有说是台湾省长**。
**自出任台湾省政府主席后，用心省政，而且更当选民选省长。声望日渐提高。而省政府与行政院的对峙亦日益严重。虽然**的副省长林丰正北上出任内政部长，省府亦有一些官员高升，但省府仍然继续因为省政事务炮轰行政院。在**连任总统的选举中，**出了不少力，在对宋论功行赏，**伤透了神。
总统府放出消息，表示有意把台湾省政府虚级化，国民党立委亦已显示出动作。而台湾省政府亦同时作出驳斥。**宣布在1996年12月举办国家发展会议，邀请*一同协商。结果，国民党以冻省与虚省与*交换行政院长只需由总统任命。尽管国民党与*认为这是取材於法国的“改良式双首长制”，但在*执政以后，变成一个困局。
**在国发会有决议以后，宣布辞职抗议。结果在**挽留下，宣布请辞待命。**与**情与父子，如今反目成仇。无论**以甚麼理由冻省，但在宋的心目中，是针对**而来的。就以1997年8月的国民党的中常委选举来说，宋得到第一高票当选中常委。但党报中央日报中，完全没有**以第一高票当选的消息，头版只有“萧万长以数票之差得到第二名”。自此，宋与李渐行渐远。
在萧万长於1997年国民党全代会后接任行政院长。虽然连战已经下台，但接下来的县市长选举，国民党因冻省风波而大败。*得到一些从未执政的县市。
在1998年，台北、高雄市长及立法委员选举，虽然新党也有派人出选，但在马英九的超人气加上新党票源回流，击败得**暗助的**。而高雄市长由*的谢长廷击败国民党的吴敦义。
1999年，副总统连战得到国民党总统候选人提名，想找**为副手，可惜连战太迟表态，总统府对宋又冷嘲热讽，结果连战只好找行政院长萧万长为副手参选，而**则脱党参选。
*
*在1996年总统大选中，彭明敏及谢长廷的配搭对上**惨败，但同时在国大代表选举中得到可以否决修宪的席次，使国民党不能一党修宪。
*在1996总统大选后，党主席施明德辞职负责，第五届党主席、前桃园县长许信良当选第七届党主席。一直致力於参选总统的他，被**深夜请到总统府协商修宪事宜，被党内视为“主席夜奔敌营”。**召开国家发展会议，**以冻省来交换行政院长由总统委任，在目的达到后不再续滩。两党联手进行第四次修宪，但被人称为“一件西装换四条内裤”。
1997年3月，国民党籍的桃园县长刘邦友被枪杀，桃园县长补选，被视为年底县市长选举的前哨战，结果由立委**胜出。年底选举，*一举攻下多席县市长，使国民党执政的基隆市、台中县市等变天。
1998年，北高市长及立委选举，*的最大位阶的民选首长，台北市长**被超人气的国民党籍候选人马英九击败，未能连任，但高雄市长则由谢长廷夺下。
1999年，许信良参与总统初选，初时认为**被党内公职参选相随时间的限制而未能参选，但结果党内修改条款给**参选。结果由**打败许信良得到总统提名。许信良退党参选。
选战过程
在选举最后关头，台湾的中央研究院院长、诺贝尔化学奖得主李远哲公开支持**，也为**带来大量选票。
选举结果
这次选举是*的首次胜利，国民党在选前的分裂无疑对**的当选有很大的帮助。国民党内**、连战两派人马在选前未能整合成功，较高声望的**最后宣布退出国民党，独立参选。这最终导致国民党选民票源分散，**最后以30多万票的微弱差距落选，而连战则惨败。
在选票的结果上可看到，国民党是一面倒惨败。传统的国民党支持者全部倒向**，而本土的支持者也全部倒向**。正如有人分析的一样，**的两个图腾，外省的代表以及本省的代表分别被**与**抢走。
无论在马英九执政的台北市、立法院长王金平的高雄县，传统执政的花莲县、台东县等。一面倒倒向**。国民党执政的嘉义县也倒向**。而*从国民党手上抢得执政的桃园县、新竹县市、台中县市、以及南投县也倒向**，可显示**取得了国民党共主的地位。
**之所以差三十万票，一来是他的外省人身份，二来是兴票案使他失去了大量中间选票，加上李远哲临门一脚，使中间选票流向**处。三来是连战因为**弃连保扁的耳语，加上**朱总理一席严词警告**的说话,使支持**的本土票大量流向**，使连战失去与**相峙不下的机会。反变成连宋相争，阿扁得利。
也有人认为，国民党的分裂是当时的党主席**造成的。因为有很多机会把宋拉回国民党，但**却没有做到。甚至运作整个国民党机器追击**。有强烈**色彩的**，虽然支持连战，但是很多人相信他在暗中支持**并使其当选。因为在整个选战上，他对**穷追猛打，对**则轻轻带过。有一次，他参与国民党的做势活动，形容宋是烂苹果，而扁则是青苹果。连战的幕僚徐立德曾透露，有一次国民党中常会，已准备一篇强烈的批扁讲稿给**宣读，但**当场大怒退回。而**的好友们，更纷纷支持**。
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影响
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国民党方面
今次选举失利后，国民党支持者在街上抗争，连续数天，要求**下台，结果**辞去国民党主席，连战为代主席。连战於同年年中的国民党临时全代会上真除党主席。翌年更当选国民党第一个党员直选的党主席。
在国民党改造其间，要求清算**与尊崇**的大有人在。**与国民党渐行渐远。国民党最终与**决裂，李系人马在国民党内失宠，导致了国民党的再次分裂。
国民党在政党轮替后仍是国会第一大党，虽然国民党人唐飞受邀组阁，但是国民党对唐飞的支持还是一般，加上核四问题，唐飞终於去职。连战被**邀请到总统府面谈，**当面答应研究是否停建核四的问题，谁知连战刚离去总统府，行政院长张俊雄就宣布停建核四，这无疑是打了连战一下耳光。
受到这样的侮辱，**同时释出善意，使国民党与**以及新党，合组在野大联盟，泛蓝军一说从此面世。由於泛蓝占国会席次超过一百四十席，甚至提出总统罢免案。*政府从此举步为艰。
翌年底立委选举，由於**分去不少泛蓝票数加上蓝军高额提名，国民党席次大幅滑落至六十八席。但席次比**的四十六席多。相反同时的县市长选举，国民党则夺回新竹县市、台中县市、基隆市等，与*一样是九席。
*方面
今次是*自创党以来,第一次夺下中央执政权.自1994年**当选台北市长,1997年县市长选举*一举攻下十多席县市以来,更进一步地步向执政.
**邀请国民党籍国防部长唐飞组阁,由游锡堃出任行政院副院长、张俊雄出任总统府秘书长。未几,八掌溪事件爆发,游锡堃立即辞职,与张俊雄互换职务.由於*对停健核四的压力愈来愈大,**不得不令唐飞去职,唐飞去职后,因为停健核四风波而被在野党企图罢免.由於泛蓝阵营占国会相对多数,张内阁这一年的施政举步为艰.
由於*在国亲分裂,**组成台联,与*合作的情况下,在2001年12月的立法委员选举中得到八十七席,成为国会第一大党.但同时亦失去了六席在1997年夺下的北部县市长席位.
在选举时,**声称组国安联盟,拉拢国民党内所谓本土派系,但由於国亲紧密合作,国安联盟变成空话,虽然陈氏曾掌握国会多数,但只是镜花水月.立法委员选举后,张内阁下台,由总统府秘书长游锡堃继任,游内阁的任期共有三年左右.
2000年,*党主席选举,党主席林义雄宣布不连任,由高雄市长谢长廷一人参选,结果当选主席.在这两年以内,党内有不少议论说党与总统府变成双头马车,各自为政.应该加以整合以加强施政.2002年,谢的主席任期届满,是否参选主席成为问题,谢需要在主席与高雄市长(年底届满参选连任)两位置中挑选一个.扁代谢长廷宣布谢与高雄市民有约,将参选年底的选举竞选连任.结果,*党内推“党政同步”案,在执政时由总统兼任党主席,结果连谢长廷也支持,扁正式以总统身份兼任*第十届党主席.
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