在地球的某一栋高楼之上，一个只有十来岁的少年独自站在天台旁边，少年默默的注视的逐渐漆黑的夜晚，这个少年名叫阿夜。
阿夜的父母都是世界顶尖的科学家，但阿夜的童年并不缺少父母的关爱，阿夜集成了父母两人的智慧，在两岁时便表现出超人的智力，在父母的熏陶下，阿夜的童年充实而美好，然而，阿夜八岁那年，他的父母在一项危险的试验中遇难了，从此阿夜成了孤儿，再也没有了笑容。
阿夜的父母遇难后，八岁的阿夜开始自己独立生活，虽然父母留下了他永远花不完的资产，但是没了亲情的阿夜却越来越沉默。独自生活了两年，阿夜看起来比同龄人成熟很多，许多见过阿夜的人都不相信他是一个只有十岁的少年。
这栋楼曾经属于他的父母，这里有他与父母的欢笑，如今，这栋高楼只属于他自己，“爸爸，妈妈，两年了，你们在世界的另一边过的好吗”阿夜含着眼泪看着繁星密布的夜空喃喃道，“我好想过去找你们”，眼泪默默划过阿夜清秀的脸庞。璀璨的星空中仿佛出现了父母的面容，默默的注视的他，阿夜仿佛看到了父母的笑容，痴痴的仰望着夜空，一个流星闪过，击碎了阿夜的幻想，“不要走”阿夜向前冲了出去，百米的高楼，带走了阿夜年轻的生命。
神奇宝贝世界中，一个名叫阿叶的少年，拥有成为神奇宝贝大师理想的少年，在即将成为神奇宝贝训练家的前一天晚上，兴奋的睡不着觉的他跑到山上看星星，一颗流星飞过，阿叶兴奋的跳起来准备许愿，可惜不小心掉进了溪中，被冲下瀑布，快晕过去的阿叶模糊感觉到有东西在推他，想把他推到岸边，阿叶睁开眼睛只看到一些红色便晕了过去，一丝细小的白光进入了阿叶的身体。
“我是谁？阿夜？阿叶？”阿叶醒过来后发现自己的记忆有些混乱，没有管身上的湿衣服，阿叶坐起身啦皱着眉默默的思考，“阿夜，堕楼，父母，阿叶，溺水，神奇宝贝，穿越，融合...”许多信息不断地流淌，许久，阿叶慢慢松开了眉头，“今天开始我就是阿叶了，全新的阿叶”阿叶向世界宣布道。
全新阿叶仿佛没有了阿夜的悲伤，可能是原来阿叶开朗的性格的影响，人也看起来成熟了许多，这是阿夜带来的气质，两个人的性格互补，形成了一个全新的阿叶。
“管家爷爷，我回来了”阿叶回到自己的家中喊道，“小少爷，你终于回来啦，把我都急死了”一个大约五十来岁的男人以百米赛跑的速度冲了出来抱着阿叶哭道，“呵呵，对不起啦，管家爷爷，我昨晚出去看星星了，结果不小心掉河里了”，“啊，小少爷，您要是出点事，我怎么能对得起逝去的老爷和少爷啊”，“管家爷爷，您放心吧，我以后会照顾好自己的，不会让您担心的”阿叶说道，“小少爷，你终于成熟了，懂事了，哇，我就现在去见老爷和少爷也安心了”管家又是抱着阿叶的大腿痛苦，“额，管家爷爷，我现在全是还是湿的呢，先让我洗个澡吧”，“对，对，先洗澡，感冒发烧就不好了，我先回去给您放水”说完管家又是一溜烟的就不见了，看着管家爷爷忙碌的身影，阿叶仿佛想起了一份记忆中的悲伤，“失去的在也回不来了，要珍惜现在”阿叶仿佛想通了，看着天空微笑了一下，祭奠逝去的悲伤。
在管家爷爷的安排下，阿叶顺利的洗完澡，换了身衣服就向大木博士研究所走去，“不知道是不是已经晚了，难道跟原著一样，领个皮卡丘”阿叶从一份记忆中找到了一些神奇宝贝世界的动画，由于看的不多，只记得主角是小智，带着一只不听话的皮卡丘旅行，后来皮卡丘开始听小智的的话，并且羁盼越来越深。“小智，额，他今年好像是8岁吧，额，难道我还要等两年才能正式进入剧情？”阿叶想着想着就到了大木博士的研究所了。
阿叶礼貌的敲了敲门，开门的是一个只有七八岁的小孩，酷酷的发型，“你是小茂吧，我是阿叶，是来找大木博士的”阿叶说道，“哦，你就是今天最后一个新人训练家吧，不错，我就是未来最强的神奇宝贝训练家小茂大人”，“额...”
“哦，是阿叶啊，进来吧”大木博士过来看到了阿叶，“对不起，大木博士，昨天我晚上出了点意外，所以来晚了”阿叶想大木博士道歉道，“哦，不晚不晚，你没事就好啊，由于前两个人挑走了杰尼龟和妙蛙种子，所以只有这只小火龙了”大木博士说完将小火龙的神奇宝贝球递给了阿叶，“出来吧，小火龙”阿叶将小火龙放了出来，“等一下”大木博士急忙说道，可惜小火龙已经出来了，刚出来的小火龙对着阿叶就来了招火花，阿叶急忙避开，火花直接命中大木博士，大木博士失去战斗能力，“所以我叫你等一下的嘛”大木博士吐出一口黑烟说到，“额，这只小火龙还挺有个性”阿叶想摸一下小火龙被小火龙躲了过去，“它就是有些不讨人喜爱，所以才没被人挑走的”大木博士复活后说道，“哦，那我就要它了”阿叶说道，“小火龙，我很喜欢你哦”小火龙有些诧异的看着阿叶，“因为我感觉到你渴望变强，怎么样？我希望我们可以一起变强，一起战斗，去打败那些强大的神奇宝贝”，“哩”小火龙看着阿叶点了下头叫道。
“哦，这么快就认可你了，看来你在神奇宝贝训练家的道路上会走的很远，那么，这是神奇宝贝图鉴和空的精灵球，一并交给你了，希望你能成为一个强大的神奇宝贝训练家”大木博士将东西放在阿叶的手中，“谢谢您，大木博士，我一定会努力的，小茂你也要努力哦”，“哼！这是自然，我可是要成为全世界最强的神奇宝贝训练家的”小茂扬了扬头道，“那么，我就先回家了，大木博士再见，小茂再见”。
阿叶带着小火龙走在回家的路上，思考着在水中救他的那一片红色。回到家中，阿叶给小火龙准备了一些神奇宝贝食物，然后自己简单收拾了一下行装，小火龙吃完后，阿叶有准备了一份水系神奇宝贝爱吃的食物，“走吧，小火龙，去见见昨天救我一命的那个家伙还在不在”，阿叶带着小火龙前往昨天晚上落水的瀑布。
瀑布下由于瀑布的冲击力形成了一个水潭，阿叶猜测那天晚上救他的应该是这水潭中的野生水系神奇宝贝了，而红色的外表，阿叶差不多也已经猜到了，将神奇宝贝食物撒向水潭，不一会一个黑影从水中冲出，阿叶凝神一看，是一只大号的鲤鱼王，比起一般的鲤鱼王个头明显大出很多，鲤鱼王游到边缘，向阿叶直点头，仿佛还要更多的食物，“呵呵，这次来主要是来谢谢你昨晚上的救命之恩的，这些食物，都是你的”阿叶将食物一点一点撒向水潭，鲤鱼王不时的跳出水面接住还在空中的食物，看起来默契十足。
食物喂完以后，阿叶准备离开，“鲤鱼王，我要开始为成为神奇宝贝大师这个目标奋斗了，可能要离开一段时间了，你自己要多保重哦”，鲤鱼王听后仿佛有些兴奋，不断地拍打水面，仿佛要和阿叶一起走，“你是也想变强吗？”阿叶问道，鲤鱼王更兴奋了，一个冲跃，溅起水花冲向阿叶和小火龙，“小火龙，避开”，小火龙听到后向后跃起，避开了水花，“想要战斗吗，好，这是成为神奇宝贝训练家的第一次战斗，虽然对手是鲤鱼王，但也不能掉以轻心哦，小火龙”阿叶道，“哩”，鲤鱼王凭借水潭的优势不断地溅起水花干扰小火龙，鲤鱼王再跃出水面，“小火龙，使用火花”，小火龙迅速使出火花绝招，而鲤鱼王在空中诡异的一扭身躯，轻易的避开了小火龙的火花，随着战斗的继续，阿叶与小火龙的慢慢的越来越有默契，不知道多少次后，小火龙已经喘起了粗气了，而鲤鱼王依旧活蹦乱跳的，看来小火龙的体力已经快不行了，“不能这样了，小火龙的体力没有鲤鱼王强，得想个办法才行”，“小火龙，对水面使用火花”，温度很高的火花将水直接蒸发，形成气流，打破了还在空中的鲤鱼王的平衡，“就是现在，使用使出最大威力的火花”火花绝招直接命中了还在空中的鲤鱼王。
“扑通~”鲤鱼王掉进水中失去战斗能力，阿叶拿出神奇宝贝球将鲤鱼王收了进去，“好了，收服第一只神奇宝贝了，辛苦你了，小火龙，刚才的战斗很不错哦”，“哩”，将小火龙收进神奇宝贝球中，阿叶回家后即将开始自己新的生活。
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