石英联盟01.神奇宝贝，就决定是你了！（小智、小茂登场，小智得到皮卡丘并看到凤王）
02.神奇宝贝中心大对决（小霞加入，火箭队登场）
03.收服神奇宝贝！（小智收服绿毛虫并进化成铁甲蛹，收服比比鸟）
04.武士少年的挑战（小智的铁甲蛹进化成巴大蝴）
05.皮卡丘的决斗！（小刚加入，小智得到灰色徽章）
06.很多皮皮在这里（小刚收服超音蝠）
07.华蓝市的水中花（小智得到蓝色徽章）
08.通向神奇宝贝的擂台之路09.神奇宝贝必胜指南10.神奇宝贝乡的妙蛙种子（小智收服妙蛙种子）
11.走失的小火龙（小智得到小火龙）
12.杰尼龟军团（小智收服杰尼龟）
13.正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）
14.电击对决，枯叶道馆（小智得到橙色徽章）
15.圣安奴号之战16.神奇宝贝漂流记！
17.巨大神奇宝贝之岛18.蓝普卢奇的度假日19.玛瑙水母、毒刺水母（小霞收服墨海马）
20.幽灵神奇宝贝和夏天庙会21.巴大蝴再见（小智的巴大蝴离队）
22.凯西，超能力大决斗23.在神奇宝贝塔收服幽灵24.鬼斯通对抗超能力（小智得到黄金徽章）
25.火爆猴，别生气哦！（小智收服火爆猴）
26.艾莉嘉和臭臭花（小智得到彩虹徽章）
27.索利柏与神奇宝贝催眠（小霞得到可达鸭）
28.美容街，饲育家大决斗（小刚得六尾）
29.格斗神奇宝贝大决斗（小智的火爆猴离队）
30.小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
31.好多地鼠（武藏的阿柏蛇进化成阿柏怪，小次郎的瓦斯弹进化成双弹瓦斯）
32.浅红道馆的忍者决斗（小智得到粉红徽章）
33.火焰的神奇宝贝大赛跑34.袋龙的摇篮曲35.迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
36.暴风雨的单车路37.百变怪跟模仿少女38.皮卡丘的森林（原本是电脑战士3D龙）
39.伊布四兄弟40.醒来吧！卡比兽！
41.神奇宝贝道馆的决斗42.椰蛋树军团大前进（小智的小火龙进化成火恐龙）
43.派拉斯跟派拉斯特44.胖丁唱歌吧45.复活？化石神奇宝贝（小智的火恐龙进化成喷火龙，得到蛋）
46.吉利蛋的病历簿47.卡蒂狗跟小次郎48.大葱鸭的鸭49.波克比是谁的呢（蛋孵化成波可比，小霞得到）
50.妙蛙种子的不思议花园（小智的妙蛙种子学会阳光烈焰）
51.激斗！神奇宝贝娃娃节（武藏收服大舌头）
52.儿童节全员大集合53.警犬卡蒂狗54.按快门的机会是皮卡丘55.神奇宝贝鉴定考56.抚养家的秘密（亚马多、小三郎登场）
57.燃烧吧！红莲道馆58.决战红莲道馆（小智得到深红徽章）
59.水箭龟之岛60.华蓝道馆，水中战斗（小霞把墨海马和宝石海星存在道馆）
61.皮皮对抗胖丁62.常磐道馆，最后的徽章（小智得到绿色徽章）
63.神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶（小智的妈妈得到吸盘魔偶）
64.迷唇姐的圣诞节65.用大岩蛇露营66.宿敌大决斗，大木研究所67.当呆呆兽变成呆河马的时候68.踏浪皮卡丘的传说69.植物园的臭臭花70.神奇宝贝电影71.喵喵之歌72.四天王希巴登场73.激烈冲突超古代神奇宝贝74.嘎啦嘎啦的骨头棒75.开火！神奇宝贝联盟开幕式76.神奇宝贝联盟开幕！水之场地（小智的大钳蟹归队并进化成巨钳蟹）
77.冰之场地火炎之战78.草之场地意外的强敌79.劲敌登场（阿弘登场）
80.石英运动场VS阿弘（小智止步石英大会前16强）
81.神奇宝贝联盟最后战斗
橘子联盟~城都联盟82.真新镇，新的开始（小智的比比鸟进化成比雕，本集结束后离队）
83.飞行船是不幸船84.南国神奇宝贝与GS球（小刚离队）
85.拯救乘龙（小建加入，小智得到乘龙）
86.橘子联盟？夏干道馆（小智得到樱花徽章）
87.消失的神奇宝贝之谜88.水晶大岩蛇89.粉红神奇宝贝之岛90.化石盔化石的秘密91.跳吧！神奇宝贝豪华油轮92.再见可达鸭，又来哥达鸭93.航海的乔伊，破浪前进吧94.奈普鲁道馆，雪山之战（小智得到白浪徽章）
95.大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
96.幽灵船跟幽灵神奇宝贝97.喵喵之岛98.飞天螳螂，战士的尊严（小建收服飞天螳螂）
99.南方之岛，全员大集合100.四天王科拿，冰之战斗101.尼多朗的恋爱故事102.大平原的小磁怪103.地下道的怪物104.柚子道馆类型格斗三比三（小智的杰尼龟学会水炮，小智得到轮宝徽章）
105.皮卡丘对抗喵喵106.喷火龙，就决定是你了！
107.灭火大战，杰尼龟对抗卡咪龟108.燃烧吧！卡比兽！
109.接棒决斗！最后的道馆！（小智得到琉璃徽章）
110.鲤鱼王进化的秘密111.蚊香蝌蚪和小霞（小霞得到蚊香蝌蚪）
112.胜利者杯，全员大对决113.最后战斗，快龙登场（小智得到橘子联盟胜利者杯）
114.再见了乘龙（小智的乘龙离队）
115.顽皮蛋大爆炸116.真新镇，我回来了（小刚加入，小建离队）
117.宿敌对决，小智对抗小茂城都联盟118.若叶镇，吹起开始之风的城镇！
119.投手的菊草叶120.赫拉克罗斯对抗大甲（小智收服赫拉克罗斯）
121.顿甲之谷122.咕咕跟迷惑森林123.美丽花的战斗之舞124.线球大搜索线125.布卢的华丽生活126.惊角鹿，幻影森林127.好胜的菊草叶（小智收服菊草叶）
128.沼王和GS球129.芭瓢虫之笛130.幸福蛋的快乐护士131.喇叭芽之塔大危机132.桔梗道馆，空中大战（小智得到飞翼徽章）
133.爱哭鬼玛力露134.暴走，尾立和波克比135.再见了喷火龙，直到下一次重逢！（小智的喷火龙离队）
136.向日花怪会场大恐慌137.菊草叶不高兴了138.毽子草飞跑了！大草原之战！
139.神秘超级英雄，天蝎人登场140.咩利羊和牧场的少女141.巨钳螳螂对抗赫拉克罗斯142.收服火球鼠（小智收服火球鼠）
143.桧皮镇的呆呆兽之井144.榛果球与圆柑果实，后山之战！（小刚收服榛果球）
145.桧皮道馆，森林的战斗场地（小智得到昆虫徽章）
146.黑暗森林，寻找大葱鸭147.果然翁与神奇宝贝交换会（武藏的大舌头交换到果然翁，小智的肯泰罗归队，赫拉克罗斯离队）
148.杰尼龟队燃烧斗志！像火一样（小智的杰尼龟、肯泰罗离队）
149.好多乌波150.胖丁对抗布卢151.黑暗神奇宝贝，戴鲁比152.小锯鳄是谁的？小智对抗小霞（小智收服小锯鳄，小霞的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙）
153.对抗盔甲鸟，钢翼154.小锯鳄，跳出爱的舞步155.抓到漂亮的猫头夜鹰（小智收服猫头夜鹰）
156.圈圈熊吓死人157.麒麟奇，超能力神奇宝贝之村158.占卜大混战159.满金道馆，速度与力量160.大.奶罐，复仇之战（小智得到正式徽章）
161.收讯塔的战斗，超越时空162.捕虫大会在自然公园收服他！
163.胡说树在哪里？
164.古代神奇宝贝公园阿露福遗迹165.波波屋的传信波波166.超音蝠之馆危险的迷宫（小刚的超音蝠进化大嘴蝠）
167.柯波朗对抗妙蛙种子格斗大对决168.丛林的三只温泉战斗169.金鱼王，钓鱼战斗170.再见了六尾，神奇宝贝选美大赛（小刚的六尾离队）
171.壶壶对抗喇叭芽172.月精灵黑夜里的战斗173.安飘虫超越风之谷174.果然翁之村175.百变怪大师，与伊美蒂重逢176.喵喵跟布卢跟布卢皇177.阿利多斯，忍术战斗178.展翅吧，阳阳玛，飞向明天的天空！
179.皮卡丘与皮丘180.毽子花，草系神奇宝贝的战斗181.黑鲁加跟波克比182.烧焦塔，小松登场183.圆朱道馆，鬼斯战斗（小智得到魅影徽章）
184.伊布五姐妹，茶会大战斗185.黑暗鸦，被夺走的徽章186.铁炮鱼的天空187.熊宝宝的秘密188.冻僵的向日种子之迷189.挖这里，小山猪，寻找温泉190.急冻鸟VS胖丁，暴风雪之中191.风速狗与火之石192.土龙弟弟全都没了193.果然翁遇难了194.小刚晕倒？危险的露营事件！
195.大力鳄抵抗水箭龟相扑大战斗（小智的猫头夜鹰本集离队后归队，卡比兽本集归队后离队）
196.与神奇宝贝讲话神奇宝贝的语言神奇宝贝的心情197.大嘴蝠对假面女王武藏遗迹之战（小刚的大嘴蝠进化成叉字蝠）
198.图图犬的遗迹旭日中的光辉199.尼多力诺和尼多娜，小刚的玫瑰生活200.再见了菊草叶，电气的迷宫（小智的菊草叶进化成月桂叶）
201.月桂叶到哪里去了？在药草园抓住它！（月桂叶学会泰山压顶）
202.天然雀的占卜预测未来的神秘203.神奇宝贝气球大赛越过暴风雨204.迷唇娃迷死人超级巨星喜欢神奇宝贝205.踏浪追踪铁甲暴龙！湖之战！
206.变隐龙在哪里？看不见的神奇宝贝，大混乱207.讨厌水系神奇宝贝的乔伊小姐，小霞的愤怒208.圣母大.奶罐，沙漠的秘密209.光辉灯塔！浅葱市的战斗210.湛蓝道馆，正面决斗，格斗大对决（小智得到打击徽章）
211.漩涡列岛，新的挑战！
212.波波与大波波，飞向未曾见过的天空！
213.向大海出发吧，灯笼鱼大游行214.太阳珊瑚好朋友！黄岩岛的对决（小霞收服太阳珊瑚）
215.巨翅飞鱼跟沉船，神秘神奇宝贝的秘密216.章鱼桶跟铁炮鱼！漩涡列岛大赛预赛！
217.漩涡列岛大赛，在水的运动场大战斗！
218.小智对抗小霞，漩涡列岛大赛最后的战斗！
219.保护地鼠的村子，陷阱大作战220.银色之翼的传说，银岩岛的战斗！
221.神秘的神奇宝贝！X！
222.被抓走的洛奇亚！
223.与洛奇亚的约定224.飞吧咕咕号！以浅葱市为目标！
225.浅葱市VS大钢蛇（小智得到钢铁徽章）
226.再见妙蛙种子！大木家后院大冒险！（小智的妙蛙种子离队）
227.太阳精灵与樱花！再次回到圆朱市！
228.水君与米那基！凤王的传说！
229.在神奇宝贝劲速赛中向前冲！（小智得到蛋）
230.名侦探君莎，蛋不见了，大解谜231.蛋要孵化了（小智的蛋孵化成小小象）
232.火箭队跟信使鸟233.雾中的九尾234.巴尔郎与空手道王信彦235.天然鸟的大预言236.渡与红色暴鲤龙237.红色暴鲤龙的愤怒238.长毛猪与冬天的柳伯239.卡吉道馆，冰之对战（小智得到冰之徽章）
240.美丽花VS霸王花！草原的和平241.熔岩蜗牛，用火热的心来收服！
242.神奇宝贝魔法大变身243.闪电鸟跟水晶，湖的秘密244.双胞胎的宝宝丁对抗胖丁245.呆呆兽之悟，小智之悟246.真假大木博士，神奇宝贝川柳对决！
247.皮宝宝跟皮皮跟流星248.蚊香蛙的进化（小霞的蚊香蛙进化成牛蛙君）
249.竞技公园VS水箭龟、喷火龙、妙蛙花250.牛蛙君跟拉拉队251.冰之洞窟252.小桩与迷你龙253.烟墨道馆的龙之牙254.快龙！逆鳞立起！（小智的喷火龙归队）
255.烟墨道馆！最后的徽章（卡比兽归队，喷火龙离队，小智得到升龙徽章）
256.道馆徽章与小果然翁257.龙宫道馆，水中之战258.乘龙之歌（小智与乘龙重逢，并被托付一颗蛋）
259.保护神秘蛋！在暴风雨中诞生新生命（蛋孵化成由基拉）
260.炎帝与温泉的伙伴（小刚的榛果球进化成佛烈托斯）
261.河马王，王者的信物！
262.奈奈与电击怪（小次郎的大食花交换到口呆花，口呆花进化成大食花，大食花离队）
263.加油吧！由基拉264.不可思议的未知图腾265.班吉拉与由基拉（由基拉离队）
266.狃拉与圣火267.白银大会！与小茂再度重逢！
268.联盟预赛！火岩鼠火焰战斗！
269.大菊花VS妙蛙种子草系神奇宝贝的尊严270.决胜淘汰赛全体战斗6VS6271.劲敌对决！水箭龟VS喷火龙！
272.遭遇火焰鸡！与叶越的对决！
273.全力战斗之后！！各人的道路！！（小智止步白银大会8强）
274.再见和启程（小刚，小霞离队，小智的除皮卡丘以外的神奇宝贝都寄放在大木研究所）
275.和皮卡丘的分离AG芳缘联盟AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到火稚鸡）
AG02.古代神奇宝贝与神秘军团！
AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG05.蛇纹熊与短裤少年！小遥的第一场战斗！
AG06.火箭队！疯狂乱抓，再见了！（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹瓦斯离队，小次郎得到沙漠奈亚）
AG07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）
AG08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇）
AG09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？
AG10.史上最强的大嘴鸥？！
AG11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘AG12.莲叶童子与花店三姐妹（小刚得到莲叶童子）
AG13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！
AG14.双打比赛，捕捉刺尾虫（小遥和武藏各收服一只刺尾虫）
AG15.用功神奇宝贝训练家培育学园！
AG16.卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！（皮卡丘学会铁尾，小智得到岩石徽章）
AG17.得文制造有限公司！水舰队之影！
AG18.哈奇老人与长翅鸥小皮！
AG19.逃离巨牙鲨之岛！
AG20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场AG21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只？
AG22.大吾！可可多拉和波士可多拉AG23.海边的捣蛋鬼龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！（小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧）
AG25.秘密之池！好多水跃鱼（小刚收服水跃鱼）
AG26.长鼻叶族的袭击AG27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！
AG28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！（小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶）
AG29.勾魂眼的惊奇AG30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中！
AG31.武斗道馆再战！乘浪的战斗场地！（小智得到拳击徽章）
AG32.废弃之船！悄悄靠近的影子AG33.小遥的劲敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！（小瞬登场）
AG34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱！
AG35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！
AG36.保护海之博物馆，火岩队的袭击！
AG37.美女与野兽？狡猾天狗和乔伊小姐AG38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔！
AG39.唱歌！神奇宝贝戏法屋！
AG40.紫堇道馆！铁旋的电击战斗！（小智得到电力徽章）
AG41.木守宫的新绝招！西瓜园的种子机枪（小智的木守宫学会种子机关枪）
AG42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈！
AG43.飞吧宝贝龙！迎向明天！
AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）
AG45.海市蜃楼的那边波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）
AG46.胜利家庭！4对4！
AG47.向尾喵和散播芳香（小遥收服向尾喵）
AG48.猫鼬斩VS饭匙蛇！劲敌对决AG49.小胜VS小胜！守护溜溜糖球！
AG50.神奇宝贝华丽大赛秋叶大会！
AG51.VS恰雷姆，华丽大赛的战斗（小遥得到缎带）
AG52.正电拍拍和负电拍拍，修行之道AG53.向尾喵和“有样学样”的呆火驼牧场AG54.火岩队再度杠上水舰队！烟突山的战斗！
AG55.新人道馆训练家——亚莎满地坑洞的战斗场地AG56.热血徽章！用燃烧的战斗得到它！（小智得到烈焰徽章）
AG57.许多的晃晃斑，到山的那一边寻找幸福AG58.突破钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇（小智收服煤炭龟）
AG59.再访紫堇道馆VS雷电兽！
AG60.向尾喵与优雅猫！传说的协调家登场！（小遥的向尾喵学会暴风雪）
AG61.戴面具的协调训练家，假面使者登场！
AG62.绿茵镇神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）
AG63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童）
AG64.青绵鸟的天空！小遥的心！
AG65.溶食兽击退大作战！
AG66.一触即发！爆音怪VS森林蜥蜴（小智木守宫进化成森林蜥蜴）
AG67.跳舞战斗！乐天河童！
AG68.爸爸是偶像！？冒牌道馆训练家！
AG69.橙华道馆的危机！家庭的危机！
AG70.橙华道馆战！第五个徽章！（小智得到天秤徽章）
AG71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之战！
AG72.双人合作赛，小智VS小遥！？
AG73.禁忌森林的国王妙蛙花！（小遥得到妙蛙种子）
AG74.妙蛙种子和妙蛙种子！夺回宝贝球！（小智的妙蛙种子归队本集结束后离队）
AG75.对决！巨大鲶鱼王与钓鱼高手AG76.天秤偶和雾中的遗迹！
AG77.强敌！？妈妈级协调训练家登场！
AG78.神奇宝贝华丽大赛长寿大会！
AG79.跳跳猪在找的东西！？
AG80.首度挑战！空中竞技神奇宝贝圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕）
AG81.怨影娃娃之宅！
AG82.森林格斗王！？力壮鸡VS斗笠菇（小遥的火稚鸡进化成力壮鸡）
AG83.天气研究所的漂浮泡泡！
AG84.茵郁市的羽翼嘉年华会！（小次郎得到风铃铃）
AG85.茵郁道馆！天空之战！（小智得到白羽徽章）
AG86.喷火驼载着电影来！
AG87.神秘！从宇宙来的神奇宝贝！？
AG88.香蕉懒人翁园的卡比兽！
AG89.皮卡丘加入火箭队！？
AG90.抵达水静市！能量方块和回转攻！
AG91.神奇宝贝华丽大赛水静大会！（小遥得到缎带）
AG92.那三只登场，裁判学校之岛！
AG93.珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！
AG94.古空棘鱼与深海的秘宝！
AG95.猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！
AG96.肌肉对战！？双打比赛！
AG97.固拉多VS盖欧卡！（前篇）
AG98.固拉多VS盖欧卡！（后篇）
AG99.枫和南！宇宙中心之战！
AG100.绿岭道馆！太阳岩与月石！（小智得到心灵徽章）
AG101.大海男儿！四天王源治登场！
AG102.诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！
AG103.伊札贝岛神奇宝贝华丽大赛！小心劲敌！（哈利登场，小遥得到缎带）
AG104.封印巨大念力土偶！
AG105.大嘴娃谈恋爱！莲帽小童的花之路！（小刚的莲帽小童进化成乐天河童）
AG106.大颚蚁和超音波幼虫！梦幻之湖！
AG107.阿勃梭鲁！悄悄靠近的灾祸阴影AG108.抓住雪童子！（小智收服雪童子）
AG109.拯救拉鲁拉丝！小胜快点！
AG110.琉璃道馆！水之艺术师亚当！（前篇）
AG111.琉璃道馆！水之艺术师亚当！（后篇）（小智得到雨滴徽章）
AG112.直冲熊！友情的形式！？
AG113.梦幻岛的小果然翁AG114.滚动吧！爱河中的顿甲AG115.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会（前篇）
AG116.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会（后篇）（小遥得到缎带）
AG117.用小遥美食收服小卡比兽！？（小遥得到小卡比兽）
AG118.劲敌登场！政宗和铁哑铃AG119.怪盗班纳伊与缎带奖杯AG120.小智与小遥，在丰缘大陆的激烈战斗AG121.开幕！大型庆典（1）！
AG122.热斗！大型庆典（2）！
AG123.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）
AG124.来野外求生吧！
AG125.抵达彩幽市！穿着长靴的喵喵！？
AG126.预赛开始！政宗登场！
AG127.开幕！彩幽大会！
AG128.通往决胜锦标赛！战斗白热化的日子！
AG129然后…不能输的战斗依然持续！
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