恭帝见李渊决绝，心中一突，略一犹豫，乃道：
“唐王请奏。”
李渊道：
“请唐王府按禁军一半配置，世子府和秦公府按禁军四分之一配置。”
恭帝道：
“各减一半，由杨华安排。”
李渊不悦，道：
“不烦他人，吾自会安排。”
恭帝阴着脸，勉强同意。李渊估增兵之事恭帝必不同意，再提怕引帝疑，反不利于事。于是乃道：
“秦公李世民颇善政，长于理财，请为长安县令和国库司。”
恭帝正千方百计谋李渊军权，见李渊主动提出，乃道：
“李世民可任长安县令和国库司，但任职过多，不免误事。御前大将军之职可否免去？”
李渊想不到其来这一着，只得答道：
“可也。”
于是。恭帝乃下旨，令从军中挑选精兵。增加唐王府、世子府、秦公府守卫，令李世民为长安县令、国库司，免去御前大将军之职。
李渊得圣旨，即按圣旨选调精兵入城守卫唐王府、世子府和秦公府。世民即任长安县令、国库司，接掌国库，乃令杜如晦、房玄龄共同打理长安府衙日常事务，令长孙无忌为国库司吏，负责日常管理和收支，并全部调换国库官吏。长孙无忌乃做两本帐。一本假帐应付皇帝，一本真帐自己掌握，自此，国库任唐王使用，恭帝要调用颇为不便。
数日，李渊又奏请王府、世子府和秦公府开府置官属，以便预议朝廷大事云云。恭帝不敢事事逆李渊意，只得同意。于是，唐王、世子府和秦公府各任官吏。文吏武官众多，自成一体。
数日，李渊将升赏各文官将武名单、各郡县任职名单及战死、至残之将士赡养名册交上，请定夺。恭帝照准。于是，李元吉得任为太原兵马大总管，负责总领山西北部数十郡县；裴寂为河东兵马大总管。负责总领河东数十郡县；李道宗为渭滨兵马大总管，负责总领渭南、渭北数十郡县；李靖为河西兵马大总管。负责总领河西数十郡县；柴绍为汉中兵马大总管，负责总领汉中十多郡县；李孝恭为陕南兵马大总管。负责总领陕南数十郡县；刘文静为扶风郡太守，总领周边数郡县；刘玄基为潼关太守，负责周边数郡县，各归顺的郡县太守、驻守多继续任职不变。长孙顺得得任为朝中中书令，高士镰为侍中，唐俭为御史大夫，武士彟为光禄大夫等等。
李渊见恭帝无异议，又奏请由李世民兼长安卫军和宫中禁军指挥使，恭帝乃道：
“京师武备，李世民不比杨明之、杨华熟悉，且李世民已身兼两职，不便再任。”
李渊道：
“可免长安县令。”
恭帝答道：
“李世民乃朝中猛将，指挥使之职太小，不宜世民，且四方未定，随时须挂帅平乱。”
李渊不便再争，只得闷闷不乐而回，召建成、世民，乃将恭帝之意告之，并对建成、世民道：
“此子防我甚于贼。”
世民道：
“此事由我办，其不得不同意。”
李渊道：
“愿闻其详。”
世民道：
“恭帝所持者乃杨明之和杨华，我伏数万人马于城西门外，暗调数百将战入城，一举拿下城西门，大军入城，以杨明之、杨华叛乱为名擒之，挟恭帝将保卫长安和禁宫之权交出，大事可定矣。”
李渊乃道：
“此计可以，但不可与其撕破脸皮，必须慎重。期间，建成要加强对恭帝行动监控，加强唐王府、世子府和秦公府安全保卫，不得有误。”
建成答道：
“我兄弟行事，父亲且放心。”
于是，建成尽将于城中暗暗招收的千多壮丁加强唐王府、世子府和秦公府保卫，令人加强对恭帝动静监控。世民则每日率数十人出，暗换成数十将校入，一连多天如此，调入候君集、殷开山、唐俭、刘政会、孙成武、章雄伟等百多战将。世民见人数差不多了，乃令段志玄率三万人马乘夜伏于西门外，城门一开即到城门外听令。
当晚深夜，世民令调入的将校暗藏兵器，扮成家奴，一起到达城西门。守城都尉认得是出出入入的长安县令李世民，以为世民要出城，道：
“深夜不便，请上官白天再出城。”
世民高声道：
“恭帝口令：杨明之、杨华造反，命往我率大军入城，捉拿反贼。”
守城都尉乃杨明之亲信，知世民所言极假，大怒，率守门五百兵卒欲擒世民。世民大手一挥，众将一齐扑上，各显本事，顿时将五百多名守门士兵一个不漏杀尽，控制西城门。世民乃大开城门，伏于城外的段志玄见城门开，即率军入。
世民留一万人马扎城西，以防不测，令殷开山与段志玄各率一万人马往擒杨明之和杨华。两人率军如飞直冲杨明之和杨华府而去。杨明之和杨华毫不防备。一举被擒。于是，世民率着大军。押着两人直往宫中而去，到达宫外。禁军阻，世民不欲战，乃大声道：
“杨明之、杨华里通外贼，事发被擒，尔等欲与之同罪？”
禁军群龙无首，你望我，我望你，均不敢出头。世民喝道：
“凡事皆由圣上定夺。我等一切需听令于主上。”
于是，禁军乃退。世民直到宫门外。大声道：
“长安县令李世民有急事奏请。”
一会儿，宫门开，世民入，见恭帝便服于门口，也不下拜，昂首挺胸道：
“杨明之、杨华里通外贼，欲造反，被我等擒获，就在宫外。请主上立斩之。”
恭帝被世民威势所吓，犹犹豫豫道：
“此乃我族人，可否法外开恩？”
世民答道：
“朝廷皆尔所有，一切由尔作主。但京师不稳。极待任一得力大将安抚。”
恭帝早明世民来意，只得道：
“任尔为长安卫军和禁军指挥使如何？”
世民道：
“吾将尽力而为，保长安稳定。”
恭帝又问：
“谁可任长安卫军都督和禁军统领？”
世民道：
“段志玄和殷开山。”
于是。恭帝乃下旨任李世民为京师卫军和禁军指挥使，段志玄为京师卫军都督。殷开山为禁军统领，将杨明之、杨华贬为庶人。令迁商洛。临行时，恭帝亲往送行，两人悲伤。恭帝对两人叹道：
“我族中落已定，亚叔、兄弟不必再作无谓之争，以保全我杨氏一脉。叹尔两人从此可安享无忧矣！只我命运系于人，不知它日死法如何？”
三人于长安城南门外抱头痛哭一场，才依依不舍而别，恭帝回宫中，自郁郁数日不上朝。
世民任长安指挥使，将段志玄、殷开山分别安插为长安卫军都督、禁军统领，又安排一批校尉充任卫军和禁军头目。于是，长安便牢牢掌握在李渊父子手下。
李渊闻河东屈突通拼死抵抗，裴寂与之交战，互有胜负。乃奏请恭帝下旨，遣使往抚屈突通，不想屈突通道：
“此乃唐国公挟天子以令诸侯，非真天子令。”
李渊大怒，召建成、世民商议出兵之事。建成见世民累建赫赫战功，正忧自己不能有所作为，怕日后居世民之下，闻唐王意，欲请领兵出击、建功立业。王圭道：
“子岂不闻以柔克刚，以长制短之理？临敌作战子不如世民，静心理政世民不如子。不如扬已之所长，协助唐王，亦功德无限。”
建成答道：
“行政不见功，将来不能承唐王位。”
王圭答道：
“未必也。将来唐王为帝，对继承者必以治天下之能为首虑，而不是以马上战功量之。今不如以已之长协助唐王，使唐王早识世子之长，同时，将来唐王登位，必多用亲信手下和前期重臣，世子可以利协助唐王行政之便，多结交之，将来太子之位必世子。”
建成闻言，大喜，乃往见李渊。李渊见建成世民均到，征求建成之意。建成道：
“世民善兵，吾荐世民率兵出征。”
李渊见建成能容人，兄弟团结，暗暗欢喜，乃奏请恭帝下旨令建成协助唐王处理政事，并替世民为长安令，主持长安城事务，令世民率十万人马前往，会同裴寂一齐剿灭屈突通。
那屈突通本是恭帝心腹，唐王请抚之，恭帝欲乘机召回，厚加重用，以增加自己话语权，不想屈突通不解其意，现李渊以屈突通叛乱为名请旨剿之，无可奈何，只得同意。
于是，世民率十万大军经潼关出，到达永济城下。永济守将为屈突通手下大将祝冬生，城内有两万多人马。世民令刘政会率三万人马围攻永济，七万人马绕过永济北上二十多里，距道路两边两里外下扎大营，待屈突通派兵下南救永济，再拔营尾随南下，以一举歼灭屈突通援军。
数天，不见屈突通有派兵南下往救永济的迹象。世民估屈突通兵力不够，不敢分兵南下救永济。于是。乃率军南返，令候君集持恭帝圣旨入城见祝冬生。祝冬生见圣旨到。乃恭恭敬敬接旨，又亲出城迎接李世民入城。将永济兵马交与世民。世民大喜，厚赏永济将士，令祝冬生持圣旨抚平陆、丙城、复县，三县均归顺。
于是，世民扫清运城外围，乃率十五万人马到达运城下，派人约裴寂南北夹攻。最初，世民组织人马进攻。屈突通利用水网优势，累累被其水陆并进袭击。死伤不少。
世民见久攻不克，大急，亲率三万人马进击，到达城下，令大军一边向城上猛射箭，一边架设云梯攻城。城上敌军亦向下射箭、抛石，大军死伤不少，却攻不上城。世民环视周边，见远处有一两面临水之道路。直通城内。
于是，世民欲往攻。刘政会阻止道：
“此道两面临水，且路过于夹，不利进兵。”
世民道：
“敌被吸引于城墙。我迅速偷袭之。”
于是，世民乃率五千人马沿着此道而去，道路两面水深。且越来越夹，走着走着。眼见还有近百米就到达城内陆地，突然水面上出现上百战船。如飞而来，船上四面用高梁杆围严实，敌军坐在里面。世民见船越来越近，令将士射箭，箭纷纷射在高梁杆上，伤不了敌军。敌船内却纷纷将箭射出，道路上之将士无可躲避，纷纷中箭，惨叫声不断，落水者亦多。
世民大怒，手舞长枪，挡开敌箭，继续猛冲，忽然屈突通出现在船头上，令数十名弓箭手一齐向世民射箭。世民见数不清的箭向自己射来，急伏下，却突然失足，跌下水中，世民不会游泳，顿时惊慌失措，在水中乱爬乱挣，口鼻入水，吃水不断，苦不甚言。
那屈突通见世民落水，指挥船冲过来，欲生擒世民。这时，一校尉猛冲过去，一跃入水中去，抱着世民在水中快速潜行出数十米，一跃而起，跳上路，背着世民飞奔而去，众将士亦迅速退走。
回到营中，世民醒，乃知被一校尉救起，令传来，问之，方知此人名叫史特来。于是，世民破格将史特来晋升为参军。史特来连升数级，喜得与部下连开怀畅饮，大醉而归。
次日，世民恢复，与随军房玄龄商议如何进击屈突通。房玄龄道：
“敌所依者，乃水军也。不知我有多少将士通水性，何不设立水军，以其之道还其之身。”
世民以为然，仍令各队报通水性将士，得五千人马。于是，世民令史特来为水军首领，组织训练，参照敌船征船造船和用高梁杆搭船屋。
经过史特来二十多天的严格训练，水军已于船上出入自如，百条船操练亦得法，史特来乃请出战，以试战力。世民道：
“此奇兵要用在关键时刻，不可过早暴露给敌人。”
于是，史特来乃不请战，继续加紧训练。
世民见云梯、弓箭不足，令从潼关运来一批。此时，万事俱备，乃约裴寂于次日总攻。
第二天一早，世民传史特来，道：
“我军将从两面临水道路进攻敌军，敌船出，尔船亦出，插于道路两边，向敌船猛射火箭，以火灭敌船，使我军顺利得攻进城内。”
史特来闻此计，大喜。忙去准备大量弓箭上船，令士兵每箭头均绑柴草，将桐油淋柴草上，并将己方船只尽淋湿，做好出击准备。
世民令候君集、刘政会率十万人马进至城墙下，指挥猛攻城，攻守双方你来我往，战至傍晚，大军死伤两万多。候君集、刘政会请息战。世民不但不不许，反而将余下八万人马全部压上。候君集、刘政会见世民决心下，十万大军云集城下，顿时精神大振，乃将十万大军分成多路，实施多路多梯队攻击。候君集、刘政会也各亲率一队，猛攻敌城。城上城下展开生死拼搏，惨烈无比。
世民见火候到，乃亲自率领三万人马沿着通进城内的道路猛攻，史特来率水军，驾百只战船于道路两边悄悄随后。
屈突通远远见大队人马沿此路迅速进击，乃指挥船队出击。史特来见敌船出，亦率船队迅速杀出，挡在道路两边，待敌船全部进入射程，令将士点着箭头，一齐将火箭射向敌船。顿时，数十敌船中箭起火，敌军一面扑火，一面调头逃走，但后面船只相阻，前面火箭又纷纷射到，只一会儿，敌船就被烧成一片火海。世民一马当抚，率大人马猛冲。突然见前面道路被挖开数丈，水深过人头，不得过。世民急中生智，令史特来将船开来，一字排开，将断路连接起来。于是，大军得过去。
屈突通完全想不到世民有水军，见战船被烧，断路被接通，对手纷纷通过冲过来，只得离开城墙，亲率一军来战世民。
那屈突通刚离开，城墙守军力量大大薄弱。刘政会见机不可失，亲自冲到墙边，架起云梯，如飞爬上，跳上城头，杀散守城士卒，招呼大军加快登城。一时，守军全线溃退。
世民远远见屈突通指挥人马冲来，亦指挥大军向屈突通猛冲，双方在城中展开拼杀。候君集、刘政会、孙成武、章雄伟各率一军冲入城，杀散守城之敌。此时，裴寂亦率军到，乃下令将正与世民死战的屈突通等一万多人马紧紧包围。那屈突通被四面围困，不得脱身，却拼死不肯投降。
世民怜其忠勇无比，下令停止围剿，乃亲往两军阵前，对屈突通道：
“隋室软弱，已四分五裂，仅将军一人苦战，安能独挽狂澜？今已临绝路，岂能以数万将士性命成一己之英名？不如归顺于我，亦算完满。”
屈突通回头望众将士，见众将士均满脸期盼之色，长叹一声，将大刀一丢，拜倒在地下，道：
“前者，实为报隋室知遇之恩，今将军胸怀广阔，宽容我将士，实在感恩。吾请归将军麾下，每有战事，必为前驱。”
世民大喜，走上前扶起。自此，世民手下又多了一名赫赫战将。于是，世民乃令通告安民，令各路人马严守纪律，不得杀城内一兵一卒，不得伤害城中一草一木。次日，大赏三军，又赏降卒，并令不愿从军者回乡。大军休息数天，世民与裴寂告别，率得胜之军还朝。(。。)
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