所以，思宗在八月二十三日入宫当天，一夜未眠，取来巡视宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。整个宫中，都处在一种非常恐怖和压抑的气氛当中。登基之后的思宗，深知要除去魏忠贤，必须要首先稳固自己的地位并保证自己的安全。他一面像他的哥哥朱由校一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的侍奉宦官和宫女逐渐带到了宫中，以保证自己的安全。
魏忠贤对于思宗，则始终无法揣透其心意。他不知道新上任的皇帝，到底将如何对待他。他的策略，就是送一些美女给思宗。思宗在明代皇帝中有一个特点，就是不怎么好色。在当时战战兢兢的心态下，思宗自然对美色更无兴趣了。据说，思宗怕引起魏忠贤的担心，将魏忠贤送来的4名绝色女子全部留了下来，但却仔细地将4名女子都搜了身。
思宗命4人将药丸毁去。
魏忠贤于是在九月二十五日向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠的活动。思宗的批复是不温不火："以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。"这样一次顺水推舟之举，便抑止了朝野上下对于魏忠贤的进一步崇拜，而又不致引起魏忠贤的恼怒。相反，思宗还不断地嘉奖魏忠贤、王体乾、崔呈秀等人。自然，思宗心中明白，这一切早晚都会收回来的。他在静静地等候时机，却又暗暗地削弱魏忠贤的影响力。
政治斗争是非常微妙的。也许，当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有戆（ｚｈｕàｎɡ）直冒死直谏的。因此，最后倒魏的时机竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。
十月二十二日，工部主事陆澄源弹劾魏忠贤；十月二十四日，兵部主事钱元■（què）弹劾魏忠贤；十月二十五日，刑部员外郎史躬盛弹劾魏忠贤。直到二十六日，思宗一直不动声色，任由着臣工们攻击魏忠贤的**一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉，依然无动于衷。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏攻击魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削藩封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边攻；九，伤民财；十，亵名器。应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，思宗立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读了钱嘉征的奏疏。
十一月初一日，思宗斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候竟然还带着卫兵1000人、40余辆大车浩浩荡荡地向南去了。一个戴罪的宦官竟然还敢如此跋扈，无疑进一步刺激了思宗敏感的神经。于是，思宗接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。十一月初六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在旅馆里，听着旁边房间里一位书生的《桂枝儿》小曲。
思宗能除去魏忠贤，固然说明了明代皇权的至高无上地位，再有权势的宦官，其实只是能借助皇权为恶罢了，很难动皇权分毫。然而，思宗在除去魏忠贤过程中所表现出来的胆略，还是令人钦佩。紧接着钦定逆案，无疑更进一步肃清了魏忠贤的政治影响。这些，都体现了思宗的远见卓识。然而，思宗以一己之力除魏忠贤一事，显然让他对于自己的政治才能产生了过高的估计。他在此后十余年的统治中，事事独断，事事亲为，过度迷信自己的能力。这样，思宗的自信，慢慢地变成了自负，变成了刚愎自用。所以，一方面他成为明代最勤袁崇焕像政的皇帝之一，但另一方面，他的事事亲为却没有收到很好的效果。正如他自己所说，他虽然不是亡国之君，但事事乃亡国之象。然而，崇祯帝之亡国，未必与己无关，如杀袁崇焕一节，即是愚蠢的自毁长城之举。
思宗的多疑，在明代历史中也是有名的。
袁崇焕，字元素，号自如，祖籍广东东莞县，落籍于广西藤县。
明代的边将中，不贪财的极少。像万历年间著名的边将谭纶、戚继光，都非常善于敛财。明代的许多次兵变，多半是因为边将的贪财和克扣军饷造成的。
从万历四十七年（1619）的萨尔浒之战后，在明军与后金军队的力量对比中，后金军队明显占据优势。幸好宁远一战，袁崇焕用新式武器红衣大炮胜了一次，暂时使辽东战局在天启六年出现转机。但是，袁崇焕很快被魏忠贤罢免。思宗即位，在处理完魏忠贤一事之后，便全力应付辽东战局。天启七年（1627）十一月重新召还了袁崇焕。次年元月，即任命袁崇焕督师蓟辽，兼督登莱天津军务，等于是将辽东的防务全部委托给了袁崇焕。然而仅仅3年过后，崇祯三年（1630）三月十六日的下午，袁崇焕便在京城的西市被凌迟处死，然后传首边关示众。这可说是思宗统治期间最大的冤案。历史学家们对袁崇焕之冤死，有过许多的解释。
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