分别后的上条又在路上偶遇到另一位妹妹（番号不明），「妹妹」帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
在宿舍内，上条与「妹妹」见到了土御门元春的义妹——土御门舞夏。
在家门口见到正在为三**斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，「妹妹」用能力替她们解决了这个问题。
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑「树状图的设计者」的话题后分别。
分别后的美琴前往了学院都市二十三学区[宇宙开发区域]，潜入了「树状图的设计者情报收发中心」，发现里面已经因为「树状图的设计者」被摧毁而空无一人
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的妹妹（番号不明），带着她一起去买饲养宠物的书。
上条在买书期间，妹妹在外面的小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀害。
从「树状图的设计者情报收发中心」离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了妹妹在小巷内遇害的过程，万念俱灰。
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失。
充满困惑的上条在小巷深处见到了长着同样模样的数十位「妹妹」以及被杀害的那位妹妹尸体，妹妹们在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被白井黑子接待。
白井因为舍监的出现而让上条躲在床底下，离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的「绝对能力进化实验」资料，读完资料后他开始寻找美琴。
在大桥上找到美琴的上条为阻止美琴牺牲自己拯救妹妹的计划而受到她的强力电击，最终昏倒。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
（20：30——），第一○○三二次实验正式开始。
受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战。
随后赶来的美琴向妹妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有妹妹们合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
非常顽强的上条最终击败了一方通行，「绝对能力进化实验」计划从此以后被永久性冻结。
负伤的上条当麻随后被送往医院救治。
8月22日
清晨——下午3点
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）、美琴、茵蒂克丝三人先后来探望他。
美琴和御坂妹（10032号）在一起时都说出了自己的心里话。
时间不明（推测为8月22之后）
美琴自己亲手制作了饼干想送给要出院的上条，但没有成功，不过美琴的心情却变得非常好。
8月、第四个星期五
四位“妹妹”因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的妹妹（00000号）行踪不明。
8月下旬某日（从内容上推测为8月27日白天的可能性较大）
超电磁炮40话
刚转入常盘台中学2年级学生：婚后光子因为走错宿舍而在[学舍之园]迷了路，遇到正好被海原光贵邀请而想要脱身的美琴。
为了脱身，美琴装作婚后光子的朋友逃离，两人之后在[学舍之园]游玩了半天，有些迷糊的婚后光子将美琴的姓名误认为“海原美月”，直到9月中旬才解开误解。
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