故事并无提及年份，只有月份与日期，予以注明。
故事初始约十几年前
威廉·奥维尔在俄罗斯西部支援了被俄罗斯成教部队追杀的魔法结社“占星施术旅团”并一人击溃了俄罗斯成教的精锐部队。
同一段时期也在法国中部阻止并歼灭了将无辜少女作为“贞德神谕”试验品的法国最大魔法结社奥尔良骑士团。
故事初始约十年前
威廉·奥维尔在多佛尔海峡法国侧解救了被西班牙星教派袭击的英国三公主薇莉安。此后，拒绝了成为“骑士”的邀请离开了英国，为了从外部保护英国而加入了“神之右席”，后以“后方之水”称呼。
英国清教所属十三骑士团之一的先枪骑士团（1stncer）前往日本的一个小山村内找到了站在灰烬之海中的少女:姬神秋沙。
故事初始几年前（御坂美琴童年时代）
童年的御坂美琴出于好心将自己的“dna样本”提供给了不知名的研究所，引发“量产型能力者计划”启动。
故事初始几年前（食蜂操祈少年时代）
“量产型能力者计划”第一个实验体“妹妹”0号（多莉）诞生，由于出生时的缺陷，“妹妹”0号身体中不得不植入特殊的机械来维持自己的生命。
在研究员的安排下，同在一间研究所的食蜂操祈与孤独的多莉成为朋友，熟悉后的多莉亲昵的称呼食蜂为“小咪”。（很可能是食蜂利用心理掌握的能力将自己伪装成多莉过去的友人，不过多莉似乎早已发现了这个谎言）
与食蜂一同玩耍的多莉因克隆人的寿命到达临界点而开始倒下，昏迷前的多莉希望食蜂操祈能够告知她的真名，看到唯一好友被带走的食蜂消沉下来，不知何时，前来的女研究员告知她多莉已经死亡的消息。
依靠自身能力独自调查的食蜂从研究员团体“才人工房”口中得知了“exterior实验计划”的完成需要依靠食蜂以及多莉，而且该实验完成时自己也会被无情的处理掉。
为了自己目的的食蜂开始反击，将“exterior实验计划”有关联的人全部洗脑并置于自己的暗中支配下（而且无论用何种手段被洗脑者也不会说出有关于实验的任何情报），做好以上计划的食蜂操祈进入常盘台学院就读。
故事初始约三年前（**目录动画剧场版《恩底弥翁的奇迹》）
已经活了1000年的不死者魔女雷蒂丽·唐格罗德为了获得死亡的解脱在学院都市企业“星轨之门社（orbitportal）”开发的试验性航天客机“猎户座号”上动手脚，实验自己能不能自杀成功，引发航天飞机降落时的坠机事故。
坠机事故发生时机长代达罗斯·赛昆齐亚之女莎特奥拉·赛昆齐亚以自己的“愿望”创造出了一个“愿望”的集合体女孩鸣护·艾丽莎，艾丽莎歌唱所引发的“奇迹”让机上的88名乘客与机组成员全都安然无恙，但其代价是莎特奥拉失去了自己的父亲以及音感，事故后为了纪念此次“奇迹”而被称为“88人的奇迹”。（莎特奥拉之父的死亡因为报道的错误的而被抹去了记录）
引发“猎户座号事件”的雷蒂丽·唐格罗德虽然觉得自己的实验失败，但却对诞生的非人类鸣护·艾丽莎产生浓厚的兴趣，之后将濒临破产的“星轨之门社（orbitportal）”收购，开始建造世界第一座宇宙电梯“恩底弥翁”，希望借此发动可以让整个北半球毁灭的魔法阵，借此实验自己能不能死去，而其魔法的核心则准备利用鸣护·艾丽莎来担任。
故事初始约一年前秋季至冬季
超能力者（lv5）中排名第一位的一方通行受邀参加了“绝对能力实验计划”，在研究所的初次实验中将妹妹（1号）杀害。
超电磁炮漫画番外篇《两个新人的研习》
白井黑子与初春饰利在风纪委员训练所初次相识，之后两人与固法美伟前辈在邮局办事时卷入抢劫案，由于白井在对峙劫犯时过于鲁莽导致为了保护她的固法前辈受伤。
在某位路过的超能力者（美琴）暗中帮助下，白井制服拥有“绝对等速”能力的抢劫犯，案件告破，而白井的“空间移动”能力也在这次事件中得以显现。
1月、第三个星期五
无能力武装集团“skillout”三笨蛋（驹场利德、滨面仕上、半藏）半夜盗窃atm机被警备员黄泉川爱穗逮捕，三人关押后半藏透露自己对黄泉川一见钟情。
2月、第一个星期五
英国·伦敦
神裂与牛仔裤店店长遇见了剪牛仔裤魔:自称瓦尔基里的少女，由于被少女和店长的色情言论所挑衅，愤怒的神裂将店长和少女一同讨伐。
2月、第四个星期五
意大利·米兰
在外国出差归途中的上条刀夜想在魔草调配师芭尔比娜处购买奇怪的土特产送给儿子当麻，与追捕芭比娜的上司：罗马正教修女丽多薇雅·罗伦婕蒂相识。
有些担心自己儿子的刀夜向修女吐露出了心中的烦恼，太过热心的丽多薇雅听完后将芭尔比娜的灵装”黑色软泥“作为幸运附身符赠送给他。（魔法“天使坠落”形成原因之一）
3月、第三个星期五（3月15日）
削板军霸（能力：念动炮弹，排名第七位的超能力者）在小巷内将遭到抢劫的原谷矢文救出，随后只用三拳就将不良头目：自称对能力者战斗专家的横须贺打倒。
4月、第一个星期五
巴西·里约热内卢
贫穷的巴西少女伊捏丝想对作恶多端的**进行复仇时被自称综合顾问的御坂旅掛所阻止。
听从旅掛建议，伊捏丝日后以回收废旧家电事业为基础白手起家成为了成功商人，开始向记者讲述这一段趣闻。
4月、第四个星期五
白井黑子在自己学校专属的美容院内理发，并和理发师坂島道端闲谈一些关于"原石"以及冷战时代开发超能力者等等传闻。
5月11日（8月11日的三个月前）
妹妹（9982号）在某研究所内诞生，后听从女研究员的命令，妹妹（9982号）着手处理数十位“妹妹”的尸体。
5月、第二个星期五
意大利·米兰
本应成为“魔神”男人欧雷尔斯从人贩子手中解救出100多个小孩子，将小孩子们交给同居的席薇亚（圣人，同时也是英国王室派的皇家侍女）后，奥莱尔斯离开了米兰城去完成某件事情。
5月、第三个礼拜五左右
滨面仕上与追随自己好友半藏而来的女忍者小郭首次相识。
5月、第四个星期五
滨面仕上关于自己的好友半藏是不是“超级忍者”的猜想，被女忍者小郭用色诱术消除。
5月－6月之间某日（设定中冬服与夏服换装的时段之前）
“量产型能力者计划”的参与者布束砥信陪同一名“妹妹”从实验室出去进行“外部实习”，在谈话间被“妹妹”的单纯所感染，有了拯救她们的想法。
6月、第二个星期五
具有黑客技术的工山规范为了证明自己的技术开始挑战学院都市传说中的电子领域“守护神”（极有可能是初春饰利），败北后被警备员逮捕。
6月17日左右
御坂美琴（能力：电击使，排名第三位的超能力者（lv5））在路上遭到不良少年们的搭讪，路过此处的上条乱入想帮忙，两人的孽缘从此开始。
有些不爽上条乱说话的美琴激怒时放出的电流被他的“幻想杀手”能力消除，引起美琴的注意，此后两人数次见面都会演变成“遭遇→决斗→追逐”这样的循环模式。
7月1日—3日（超电磁炮外传《能力实演旅行篇》）
俄罗斯东部某城市·学院都市驻俄罗斯协力机关购物中心（window－shopping）
美琴独自受邀来到俄罗斯东部协力机关购物中心（window－shopping）参加学园都市与其协力机构共同举办的能力演示会，并遇到了魔法结社“新生之光”的魔法师蕾莎等人。
中途美琴卷入了由法国协力机构策划的利用核武器袭击学园都市的巨大阴谋中，在“新生之光”全员以及留在学院都市友人的帮助下最终解决事件，事件过后回到学院都市。
7月、第一个星期五
英国·伦敦·某酒馆内
上条刀夜和同事田中以及过来搭话的御坂旅掛一起喝酒聊天，某位“原石的少女”突然出现并向刀夜求救，刀夜和田中度过了惊险刺激的一夜。
7月、第二个星期五
高中女生云川芹亚与学院都市统括理事会理事之一的贝积继敏理事在电话中谈论关于“原石”能力者的话题，随后站在走廊上嘲笑被水淋湿的上条当麻。
时间不明（漫画中推断为7月16日前）
在都市内发生多起“虚空爆炸案”，致使多名执行任务的风纪委员负伤。
7月16日
过着日常生活的美琴、白井、初春三人在街上遭遇银行劫案，两名劫匪被在场的白井黑子逮捕，第三名劫匪开车逃跑时被美琴用必杀技“超电磁炮”轰飞，劫案告破，无一人伤亡。
7月17日
上午——
美琴与白井黑子的同事初春饰利在喫茶店内聊天，不过中途白井以工作为由将初春带走，但初春的袖章遗留下来。
另一位不知名的风纪委员出现，并依靠初春遗漏的袖章将美琴误以为是新加入的风纪委员，带她去执行任务，花了半天时间找到小女孩硲舎佳茄的包包之后，美琴的误会解除。
下午——
从误会中脱身的美琴遇见了身处不幸之中（被atm机吞钱）的上条当麻，两人随后在河堤上开始决斗，上条又在战斗半途时逃跑，最后还是演变成了一夜的追逐战。
7月18日
美琴与白井讨论“虚空爆炸案”，拥有犯案能力“量子变速”的大能力者（lv4）釧路帷子在谈话中被排除犯案的嫌疑。
美琴、初春以及佐天泪子三人一起去服装店“第七迷雾”买衣服，在店内遇见了帮助小女孩硲舎佳茄买东西的上条当麻，正在此时“第七迷雾”突然发生爆炸，因为有美琴的活跃（其实是上条的功劳）而无人伤亡，事发后在外面得意之际的犯案嫌疑人介旅初矢被美琴抓住，“虚空爆炸案”告破。
7月19日
为了获取都市传说中可以提升能力的道具“幻想御手”的情报，美琴与白井两人前去不良少年聚集的餐厅。
美琴想从不良少年获取“幻想御手”的情报却因为上条的介入而失败，引发混乱，而追逐上条到铁桥上的美琴被他激怒，发动大范围的雷击致使周边地区电力瘫痪。
7月20日（暑假开始）
上午——
“虚空爆炸案”的嫌疑人介旅初矢陷入原因不明的昏迷中，美琴与白井两人去医院调查此事，在医院内与研究员木山春生初次会面。
上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西，上条在茵蒂克丝离开后也前往学校补习，由于在课上无视班主任月咏小萌老师，补课到黄昏才能离开。
下午——
佐天从隐秘网站下载到载有“幻想御手”的音乐cd，找到初春饰利，想炫耀一下。
美琴、白井与木山春生在医院外的喫茶店内聊天，佐天和初春半途加入，由于从谈话中得知“幻想御手”具有危险性会被收走，佐天并没有说出自己得到音乐cd的情况，各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
正好回宿舍的上条在半路上遇到美琴，有点嫌麻烦的上条利用美琴不了解自己的能力为由将她哄吓住，两人分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔·马格努斯交战，在战斗中利用消防洒水器淋湿了史提尔的符文卡片封死了他的必杀技“狩猎魔女之王”并将其击败，后带着负伤的茵蒂克丝从宿舍逃脱，前往小萌老师的住处。
在小萌老师的住处，处于觉醒状态的茵蒂克丝（“自动书记”模式）借助小萌老师之手施展“恢复魔法”治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到“幻想御手”的实体是能够影响人类大脑的音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗，战斗中白井利用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有“偏光能力”的不良头目。
7月23日
女杀手史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯否定同行兼老师的砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月24日
上午——
佐天的同学们因使用了佐天提供的“幻想御手”而陆续昏迷，佐天在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被“冥土追魂”的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从“冥土追魂”医生处得知制作“幻想御手”网络的脑波频率与木山春生相似，判明犯人，同一时间前去与木山谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
逃亡在路上的木山利用“幻想御手”所得到的“多才能力”将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山交战，交战中的美琴透过电磁波与木山春生的“幻想御手”脑波网络进行了连接，得知了她过去的记忆。
被美琴击败的木山春生从身体之中泄露的aim扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体“幻想猛兽”，美琴不得不与处于暴走状态中的“幻想猛兽”交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的“幻想御手治愈音频程序”，“幻想猛兽”防御能力被瓦解后就被美琴用“超电磁炮”所消灭，之后木山春生被逮捕，因“幻想御手”而昏迷的人群全部苏醒，初春也赶往医院看望已经苏醒的佐天泪子，“幻想御手”事件结束。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡，在去澡堂的路上的上条与同来追捕茵蒂克丝的魔法师神裂火织交战，不敌神裂的上条被击晕。
“幻想猛兽”战斗结束八小时后，美琴与白井因超过宿舍的门禁时限未归被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池，美琴此时结识了黑子的同学湾内绢保和泡浮万彬。
时间不明（超电磁炮动画ova剧情，依照内容推测为”幻想御手“事件之后，与主时间轴有冲突）
在学院都市的美琴突然感到自己有一种长期处在“被人盯着的感觉”中，精神上也非常衰弱，后通过白井和初春调查发现是警备员（前长点上机学园研究员）城南朝来利用特殊的装置对自己进行实验所至，城南朝来的伪装戳破后被抓获，让美琴感到如释重负。
七月、第四个星期五（推测为7月26日）
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯善后。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝喉咙深处的“项圈”术式。
7月28日
凌晨—
“项圈”术式被破坏时连带启动了“自动书记”术式反击模式，被操纵的茵蒂克丝用魔法攻击上条。
处在战斗状态下的茵蒂克丝释放魔法“龙王的叹息”将漂浮在宇宙的人造卫星“织女一号”摧毁，搭载在卫星内的超级电脑“树状图的设计者”一同被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条拼尽全力救下茵蒂克丝，但上条本人却从此失去了过去的所有记忆。
下午——
上条在医院苏醒，见过茵蒂克丝后与医生“冥土追魂”谈论起自己失忆后的感想。
21：40时学院都市的卫星搜索队将“树状图的设计者”的一部分“残骸”（电脑核心装置）回收。
7月30日
通过对“残骸”的解析，学院都市高层得知“树状图的设计者”被来源不明的大规模热源所摧毁。
8月1日（超电磁炮外传《初春篇》，后收录到《魔法**目录sp》）
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，发生紧急事件，接到任务的警备员黄泉川爱穗与初春饰利合力确保货车以及司机的安全。
佣兵狙击手砂皿致密接受学院都市高层的委托，使用钢铁破坏者(metaleater)破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙，而发现恐怖份子行踪的美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月2日~8月9日？（超电磁炮动画第一季原创剧情，与主时间轴有所冲突）
春上衿衣转入初春与佐天的栅川中学，引发“幻想御手”后续的“乱杂开放”事件，御坂美琴以及她的友人们再次大活跃，得以让事件顺利结束，但主谋者木原幻生却逃脱了。
8月上旬或中旬某日（超电磁炮外传《某自动贩卖机的存在价值》，收录在《伪典—超电磁炮》，依照内容推测为“乱杂开放”事件之后）
具有风纪委员身份的小女孩木原那由他（木原一族的“缺陷品”）以破坏公物罪和盗窃罪袭击正在踹自动贩卖机的御坂美琴。（实际上是对破坏木原幻生“能力体结晶实验”的御坂美琴报以私仇）
偶然在附近的削板军霸再度把前来复仇的横须贺轻松击倒，受到了工作中的白井黑子的追捕，之后因为好奇而乱入到了美琴与那由他的战斗之中。
被两位超能力者（lv5）的战斗深深震撼到的那由他也想拼劲全力挤进战斗中，但在危急时刻被赶来的“舍监”所制止。
在“舍监”背上醒来的那由他得知自己以后不需要再过过去那种“木原一族”的生活而睡着了，至于御坂美琴与削板军霸则回归到了日常的生活中。
8月8日
上条和茵蒂克丝在购买参考书时与偶遇的蓝发耳环前往冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女姬神秋沙相识，在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔·马格努斯通过结标淡希的“坐标移动”能力来到了“没有门窗的大厦”，与学院都市统括理事长亚雷斯塔·克劳利会面，被告知炼金术师奥雷欧斯·伊萨德（前罗马正教书记官）不仅占据了第七学区内的三泽塾补习班，还掳走了拥有未知能力“吸血杀手”的姬神秋沙。
史提尔·马格努斯此时找上上条，并要求他一起前往三泽塾补习班解救姬神秋沙。
两人进入三泽塾补习班将奥雷欧斯（分身）击破，但却被真正的奥雷欧斯用魔法“金色大衍术”消除部分记忆，之后茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被奥雷欧斯带走。
上条在“幻想杀手”作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士团施展的魔法“葛利果圣歌”被奥雷欧斯用“金色大衍术”反弹。之后和史提尔重回三泽塾补习班与奥雷欧斯进行最终战斗，战斗中的上条右手被斩断，从断腕处出现的“龙王之首”致使奥雷欧斯败北，三泽塾事件结束。
8月9日
上条的右手被医生“冥土追魂”接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
姬神秋沙的“吸血杀手”之后被清教提供的灵装“凯尔特十字架”所封印，后转入到雾之丘女子学园读书。（由于无突出的能力，只待了一小段时间就转学了。）
时间不明（超电磁炮漫画番外篇《とある暗部の下着論争（○月x日）》，后收录在《伪典－超电磁炮》，依照内容推测在“绝对能力者实验计划”事件之前。）
参与“量产能力者实验计划”的研究员为了决定“妹妹们”所穿的内裤样式，计划参考美琴所使用的内裤，但因为无法拿到样品而派遣了三名“猎犬部队”成员潜入常盘台女子宿舍偷窃，被强悍的舍监给干掉。
研究员们最后为了决定那种样式吵得不可开交之际被买来内裤的芳川桔梗所恐吓。
8月10日
上午——
美琴作了一个关于自己儿时提供dna样本的梦。
美琴与黑子在街上发现有人在小巷内捡取人为散发的银行卡，引起了她们的注意，之手从风纪委员177支部出来的美琴遇到捡取银行卡的佐天泪子，被她硬拉着帮忙了捡取银行卡。
下午——
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋废墟大楼内抢劫散发银行卡的高中少女，反被高中少女用“寿命中断”（实际上只是语言催眠麻醉针）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话，引起美琴的疑惑。
想要弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信，同时为了彻底解开布束砥信谈论关于自己克隆人的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药·第七药学研究院。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的“量产能力者实验计划”已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
8月11日
心情特别愉快的美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴第一次与自己的克隆人妹妹（9982号）偶遇，感到非常震惊，从后续的谈话中美琴得知某个“实验”的存在以及一个“暗号”，由于无法套出更多有用的情报只好拉着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
游玩过后的两人道别，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面，晚上21：00，第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春帮忙解开“暗号”，得知了“绝对能力进化实验”的存在，之后追踪“妹妹”而来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
但美琴的攻击却对白发少年全都无效，连必杀技“超电磁炮”的攻击都被反射，在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开，离开时向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月16日（杂志连载版标注为15~18日，后漫画单行本修正日期，以单行本为准）
早上——
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