悲伤的美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后几天她大肆破坏与“绝对能力进化计划”有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部“道具（item）”来进行防御。
8月19日（漫画单行本日期修正，以单行本为准）
白天——
“道具（item）”四人（麦野沈利、弗兰达、绢旗最爱、泷壶理后）接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
弗兰达在水穗机构病理解析研究所埋伏潜入的“破坏者”美琴，中途为了一半的佣金擅自提前行动，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了与“实验”有关的s制药公司脑神经应用分析所，发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍“实验”的工作，被埋伏的娟旗最爱捕获，布束砥信之后的下落不明。
在麦野三人的连击下美琴渐渐的被逼入绝境，而在此时察觉了美琴真实身份的麦野却在虚荣心的驱使下支走了弗兰达以及泷壶两人，独自留下来想击败在超能力者（lv5）排名上比自己高一位的美琴。
获得喘息之机的美琴依靠弗兰达遗留下来的炸弹陷阱等道具将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了“绝对能力进化实验计划”的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日左右）
晚上——
在深夜使用“钢铁破坏者”狙击一方通行的“妹妹”（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入s制药公司脑神经应用分析所内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10031号）两人。
拉走“妹妹”离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对“妹妹”乱发了一通脾气，两人分别。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位“妹妹”（番号不明），“妹妹”帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
到达宿舍的上条与“妹妹”见到了土御门元春的义妹：土御门舞夏，回到家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，“妹妹”用能力替她们解决了这个问题。
晚上
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑“树状图的设计者”的话题后分别。
分别后的美琴潜入了位于学院都市二十三学区宇宙开发区域的“树状图的设计者情报收发中心”，发现里面空无一人，之后通过超能力黑入资料库得知“树状图的设计者”被摧毁的报告。
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的“妹妹”（10031号），带着她一起去买饲养宠物的书，上条在买书期间，留在外面的“妹妹”进入小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀。
从“树状图的设计者情报收发中心”离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了“妹妹”在小巷内遇害的过程，万念俱灰
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失，以为看错的上条在小巷深处见到了数十位相同模样“妹妹”以及被杀害的那位“妹妹”尸体，“妹妹们”在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被室友白井黑子接待，白井因为突然出现的舍监查房而让上条躲在床底下，自己离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的“绝对能力进化实验”资料，读完资料后他在大桥上找到了美琴，为阻止美琴实施牺牲自己拯救妹妹的计划，上条被痛苦的美琴用高强力电击所击晕。。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
在美琴怀中苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
晚上20：30，第一○○三二次实验正式开始，受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战，随后赶来的美琴向御坂妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有“妹妹们”合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
非常顽强的上条最终击败了一方通行，“绝对能力进化实验”计划从此以后被永久性冻结，而负伤的上条随后被送往医院救治。
8月22日
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）、美琴、茵蒂克丝三人先后来探望他，从医院出来的美琴和御坂妹（10032号）在一起时互相透露出了各自的心里话。
日期不明（超电磁炮漫画番外篇《鉄橋は恋の合図》，依照内容推测为8月22之后）
美琴亲手制作了饼干想送给上条，却因为他的出院而未成功，但美琴的心情却变得非常好。
8月、第四个星期五
四位“妹妹”因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的“妹妹”0号行踪不明也未接入“御坂网络”。
8月下旬某日（从内容上推测为8月27日白天的可能性较大）
刚转入常盘台中学2年级学生婚后光子因为走错宿舍而在“学舍之园”迷了路，遇到正好被海原光贵邀请而急的想要脱身的美琴。
为了脱身，美琴强拉着婚后光子的假装好友逃离，相识的两人开始在“学舍之园”游玩了半天，有些迷糊的婚后光子还将美琴的姓名误认为“海原美月”，直到9月中旬才解开误解。
8月27日（根据第四卷内容推测）
日本·神奈川县某海边
因学校批准的假期而从学院都市出去的上条当麻不得不和自己的双亲、茵蒂克丝来海边旅游，四人后入住海边旅馆“海之家”，他的表妹龙神乙姬半夜入住。
影响全世界的未知魔法“天使坠落”发动，引发英国清教的注意，其所属的魔法师神裂火织和土御门元春前往上条的住处进行调查。
8月28日
早上——
上条起床后发现旅馆内除自己和父亲外所有人的样貌都改变了，赶来神裂火织和土御门元春出现并向上条说明了现状。
晚上——
上条带着神裂去见自己的家人，并在无意间撞见沐浴中的神裂，后在晚上休息时又被从地板下出现的逃狱犯火野神作袭击，俄罗斯成教的修女“米夏·克洛伊洁芙”乱入并击退了火野神作。
8月29日
早上——
上条从新闻中发现火野躲在了自己的老家，之后众人赶到上条的老家将火野神作击倒，但因为土御门的推论将火野神作排除掉了发动魔法的嫌疑。
上条从土御门的推论中得知发动“天使坠落”魔法的犯人居然是用大量附身符无意中摆放出魔法阵型的上条刀夜，“米夏·克洛伊洁芙”于是先一步赶去排除犯人。
傍晚——
赶回旅馆的上条见到自己的父亲，“米夏·克洛伊洁芙”现出了真面目：受到魔法“天使坠落”影响的大天使“神之力·加百列”，“神之力·加百列”为了尽快回到天界而开始排除启动魔法的仪式者（上条刀夜）。
神裂赶来牵制大天使的攻击，上条则带着父亲回旅馆避难，在旅馆内出现的土御门将上条和刀夜击倒，随后使用魔法“赤术式”将上条老家（仪式现场）轰掉，后因自身的排斥反应晕倒。
魔法“天使坠落”解除，大天使“神之力·加百列”回到上界，被天使附身的莎夏·克洛伊洁芙重新取回身体。
8月30日（短篇《某预言的**目录》，收录在插画师灰村キヨタカ个人网站上）
茵蒂克丝邮购的预言书《馬拉奇的預言》送到了上条宿舍，引发一阵骚动。
8月30~10月2日之间（**目录外传《神裂篇》）
神裂火炽与牛仔裤店店长、导游小姐三人组队完成的七件任务。
1、调查“拘束职人”艾拉·索的行踪。
2、调查密克罗尼西亚岛被魔法师侵入的真相。
3、防范丹麦港口城市工业地带的某炼铁厂被魔法师破坏。
4、讨伐占领苏格兰北部要塞·连伽码头的魔法生命体：艾尔法尔。
5、防范“海洋监狱”（为关押魔法师犯人特制的运输潜水艇）中的魔法师犯人逃脱。
6、逮捕触犯禁忌的魔法师的奥伦兹，但在抓捕途中遇到相同目的的魔法师“雷维尼亚·芭德薇与她的部下马克·史佩斯，由于奥伦兹据点类似真空环境，因而三人不得不挤在一个封闭的运输容器中前往目的地，在里面的神裂与芭德薇两人却爆发了口角，忍耐到极致的两人刚到据点就打的不分上下。
7、调查北欧五大魔法结社遇袭事件，在调查过程中与布伦希尔德·爱因库特贝尔（圣人（saint）兼有女武神（valkyrie）双重资质）爆发激战，第一战后神裂逐渐了解到了布伦希尔德袭击北欧五大魔法结社的真相，在第二次交战时面对布伦希尔德创造的灵装“主神之枪”以及魔法“最后的如尼”时从容面对，最终利用布伦希尔德的弱点将其击败。
事件结束后的神裂继续为此事善后，后在牛仔裤店店长的调查下发现同属组织内的魔法师理查德·布雷夫为了获取“黑侏儒的知识”（“主神之枪”以及“最后的如尼”都属于黑侏儒的知识）计划绑架曾帮助过布伦希尔德的少年塞利埃·弗拉特里，借以套出情报，最后由神裂等人加以阻止，但理查德·布雷夫并未放弃获取“黑侏儒的知识”。
8月某日（**目录外传《火星篇》，后收录到《魔法**目录sp》，根据内容只能推测此事件发生在9月之前）
晚上——
由于学院都市接收到从火星上传来的奇妙信息，使得一时兴起的茵蒂克丝决定和上条当麻到21学区的天文台游玩，两人中途被魔法师芙蕾斯卷入到骚乱之中。
黄金系魔法结社“拭去黑暗的黎明”所属的魔法师芙蕾斯认为学院都市有研究员培养出的“密着微生物”会对人类有潜在的威胁，因而决定使用腐坏净化的灵装消除掉。（实际上更想通过此次行动来宣传已经没落的“拭去黑暗的黎明”）。
芙蕾斯将上条和茵蒂克丝卷入后事件后，三人与研究“密着微生物”（无智能，单纯是为了研究火星上的“智能微生物”能不能在登陆地球后存活的模仿实验体）的高中生研究员微细乙爱对战，上条独自一人将微细乙爱击败后达成原本的目的。
被击倒的微细乙爱用对讲机与火星上“智能微生物”进行联系，得知它们的想法。
7月20~8月31日之间（psp游戏《科学超电磁炮》外传《蛇足、またはとある事件の终幕》）
长点上机学园女学生相园美央认为自己爱慕的老师西东飒太受到了学校的不公正待遇，计划操控卫星武器hsmdc－01（地球旋回加速式磁气照准炮）向学院都市进行复仇，其一系列计划被无意中卷入的御坂美琴等人所阻止。
事件结束后相园美央与御坂美琴一同解救出了被“暗部”白鳄部队关押的西东飒太。
8月31日（暑假最终日）
凌晨——
半夜购物回家的一方通行将找他求助的“妹妹”：最后之作（20001号）带往自己的住所休息。
上条半夜醒来，在茵蒂克丝撕咬中发现自己的暑假作业完全没做，不幸的一天开始。
从宿舍中外出的御坂美琴又遇见老是缠着她的常盘台中学理事长之孙海原光贵，为了甩开烦人的海原，美琴抓住路过的上条当麻充当伪恋人。
无意中真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成“海原光贵”的阿兹特克魔法师艾扎力开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，艾扎力被倒塌的钢骨压住，此时的艾扎力要求上条答应他的“约定”被躲在墙角的美琴听到，让美琴内心非常的在意，而晕倒的艾扎力被上条交由土御门处理。
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与“绝对能力进化实验”研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊，一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往绝对能力进化实验所。
神道教魔法师闇咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊性以及研究员天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的闇咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走，之后他前往超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所门口将天井亚雄击晕，救下最后之作。
为了拯救最后之作的一方通行开始利用自己的能力将最后之作脑中输入的电子病毒清除，由于使用能力时无法防备而被苏醒过来的天井亚雄枪击成重伤。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对射至昏迷。
暗咲逢魔布置出结界“神乐舞台”，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识，追踪而至的上条在某栋大厦楼顶发现受到魔导书侵蚀闇咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知闇咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女性的诅咒，两人在半夜从学院都市冲了出去。
在医院中苏醒的芳川桔梗从「冥土追魂」处了解到一方通行和最后之作无生命危险，不过一方通行却必须依靠「御坂网络」的补助演算才能维持身体活动以及能力的使用。
9月1日（开学式）
上午——土御门被带到亚雷斯塔的面前，向他通报同属英国清教的魔法师雪莉·克伦威尔侵入学院都市，但因为向亚雷斯塔提出由他来对付雪莉的建议遭到亚雷斯塔的反对，被困在无门窗的大楼内。
经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，不过很快就被小萌老师赶了出去。
无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条见面。
上条决定带着风斩和茵蒂克丝去地下街游玩。听到姬神秋纱关于风斩冰华的传闻。
侵入都市的雪莉·克伦威尔与赶来阻挡的白井黑子交战，白井在战斗中被雪莉召唤的石巨人艾利丝所困，最后得到了美琴的救援，雪莉趁乱逃走。
下午——上条带着茵蒂克丝和风斩来到学院都市的地下街游玩。
不久之后，雪莉的攻击致使地下街被迫封闭。困在里面的上条三人与美琴、白井两人相遇。
白井先行将美琴和茵蒂克丝用空间移动送到地面，上条和风斩两人一起另寻出口。
风斩在与雪梨的遭遇战中头部受伤，但也使她了解到自己是非人类的事实。
上条在警备员的协助下救回风斩冰华，将雪莉击退，并得知雪莉的主要目标是茵蒂克丝。
留在地面上的茵蒂克丝与美琴分开，在某工地外遭到石巨人艾利丝的袭击。茵蒂克丝随即启动「强制咏唱」进行反击。
掉入地铁道的风斩冰华赶去解救茵蒂克丝，被雪莉放走。随后赶来的上条却与雪莉对战。
上条在激战中将雪莉击倒，赶往地面解救茵蒂克丝。
在风斩以及上条的努力下，石巨人被破坏，茵蒂克丝安然无恙。
被亚雷斯塔困住的土御门离开，走时还不忘警告亚雷斯塔。
上条来到「冥土追魂」医院检查身体，留在外面的风斩冰华则向茵蒂克丝道别，随即消失在好友面前。
9月3日美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市白天——因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队「拉碧塞飞行队」进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施「rgeuncher（大发射架）」内部，并见到了白天所击毁飞行器「云海之蛇」的残骸。
两人在设施内部遭遇「工作人员」奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日白天——在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被「云海之蛇」的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
「云海之蛇」再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——美琴、黑子、白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回「rgeuncher（大发射架）」内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被「工作人员」奥莉弗逮住。
9月5日白天——因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有「读心能力」的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密「处理掉」。
在最危急时刻下的佐天被乘坐「云海之蛇」而来的席琪桃尔所救。并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用「太阳之蛇（魔法兵器）」发动对学芸都市的毁灭性打击。
晚上——安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层「经营团队」五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇「红鲑」上逃亡。
学芸都市「拉碧塞飞行队」与「有翼者的归还」展开全面战斗。美琴和白井两人则准备击毁「太阳之蛇」。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架「太阳之蛇」被毁，但最后也是最具破坏力的第四架「太阳之蛇」却从天而降。
在乘坐「云海之蛇」席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的「太阳之蛇」残骸上面。
通过发动能力对水分子的*控，美琴成功的制造出了一对「水之翼」，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架「太阳之蛇」，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的「超电磁炮」攻击下，最后一架「太阳之蛇」开始解体。
「太阳之蛇」所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着「云海之蛇」赶去营救。
在佐天的恳求下，席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇「红鲑」的行动。
战斗结束后的美琴四人乘坐飞机离开了学芸都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织（有翼者的归还）的审判庭，接受组织对两人的审判。
9月8日上午——英国·伦敦·圣乔治大教堂（英国清教「必要之恶教会」根据地）
英国清教第零圣堂区「必要之恶教会」最高主教——萝拉·斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的一本魔法原典「法之书」以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉·阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——日本·东京·学院都市第七学区茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝·桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉·阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。
在遗址中的众人相见，不过奥索拉·阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁灭性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——雅妮丝·桑提斯带领自己的罗马正教修女部队「雅妮丝部队」进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉·阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出奥索拉·阿奎纳，并给她带上英国清教的十字架。（奥索拉从此受洗礼，改信英国清教）
上条与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。
在建宫斋字的述说下，上条对「雅妮丝部队」救人的目的产生疑问。
由于提出想再见一面奥索拉·阿奎纳，上条、茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女战败后自行离开。
9月9日清晨——上条、茵蒂克丝、史提尔、建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的「奥索拉大教堂」解救奥索拉·阿奎纳。
上条打破「奥索大教堂」的结界，史提尔、茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与「雅妮丝部队」展开激战。
战斗中，茵蒂克丝施展的「魔灭之音」压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。
独自一人从混战中脱身的上条与「雅妮丝部队」的首领雅妮丝·桑提斯爆发激战。史提尔的必杀技「猎杀魔女之王」经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了。
因为首的雅妮丝被上条击倒，「雅妮丝部队」众人投降，战斗结束。
早上——被送往学院都市医院的上条醒来，见到来探视他的神裂火织。
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