1814年罗马教廷重新认可耶稣会。但耶稣会所有的魔法师、魔道书和灵装全部并入罗马教廷。耶稣会名存实亡。耶稣会的残余魔法师投入反罗马教廷的斗争。
19世纪末20世纪初以电气工业和化学工业为代表的第二次工业**席卷全球，科学迎来了第二个发展高峰期。与此同时，科学成就迫使罗马教廷和俄罗斯正教与科学的名义代表英国政府签定了《伦敦宗教和约》，与“科学－新教”同盟和解，双方暂时停战，但并未解除战争状态。从此，魔法开始淡出人们的视野。
1917年俄国十月**爆发。
1930年斯大林宣布在全苏范围内取缔俄罗斯正教教会。教会被迫进入地下状态，势力进一步衰落了。
1941年8月斯大林宣布恢复俄罗斯正教的合法性，将其作为反纳粹的宣传机构。教会开始恢复元气。
20世纪中叶以电子计算机和原子能为代表的第三次工业**席卷全球，科学迎来了第三个发展高峰期。与此同时，科学方面实力的壮大使罗马教廷和俄罗斯正教的内部发生分裂，出现了主张与科学妥协的改革派和主张奋战到底的正统派。
1970年罗马教廷最优秀的魔法师、改革派领袖亚雷斯塔.克劳力向罗马教廷提出所谓“第二次宗教改革运动”，主张与“科学－新教”同盟正式和解。但提议遭罗马教廷否决。人数占优的正统派怂恿罗马教皇将亚雷斯塔投入宗教裁判所。在正统派操纵下宗教裁判所以“异端”的罪名判处亚雷斯塔火刑。
1971年改革派拥护者发动叛乱以营救亚雷斯塔。叛乱遭到正统派残酷镇压，叛乱者全部牺牲。亚雷斯塔趁机逃出罗马，开始了流浪生涯。正统派因此而组成了讨伐军，全球追杀亚雷斯塔。至此正统派完全控制了罗马教廷。
1974年亚雷斯塔逃到科学的大本营日本，希望得到收留。但遭到罗马教廷讨伐军联络的俄罗斯正教教会所属日本自治教会的奇袭，亚雷斯塔负伤逃走。
1975年负伤的亚雷斯塔在苏格兰荒无人烟的沼泽森林中被罗马教廷讨伐军打成重伤。讨伐军认为重伤的亚雷斯塔无法逃走而将他留在森林中自生自灭。万幸（抑或是不幸？）路过的冥土追魂救下亚雷斯塔并将他带回日本。同年，耶稣会的残余魔法师在的罗马教廷的军事压力下被迫投入科学阵营，以继续进行反罗马教廷的斗争。
1979年科学阵营以亚雷斯塔和耶稣会残余魔法师提供的魔法知识为基础开始独立计划、研究“能力者开发计划”。
1982年“能力者开发计划”的研究取得重大进展，“能力者开发计划”在理论上被认为是可行的。
1985年科学家们向日本国会提出了建立“科学的学园都市”的议案。
1987年日本国会批准了建立“科学的学园都市”的议案，并在东京都西部划出一片广大的土地作为建设用地。
1988年学园都市正式破土动工。亚雷斯塔成为学园都市理事长。同时学园都市在全球招募了数千名十岁以下儿童作为“能力者开发计划”的试验者。
1993年经过多年努力研究和众多的流血牺牲，第一批等级1－4的诞生。同年，学园都市基础建筑竣工，树状图设计者也发射升空。
1995年学园都市又再在全球招募儿童作为“超能力者（人工圣人）开发计划”的试验者。“超能力者开发计划”正式开始。
2005年第一批七位超能力者（等级5）诞生。“超能力者开发计划”宣布完成。
2007年上条当麻进入学园都市。同年，“绝对能力者实验”开始。
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PS：简直逼死酱油
PS2：负伤的亚雷斯塔一瞬间就到了苏格兰这简直很魔法。
PS3：真·本书时间表
之前差不多，除了之前斯大林未曾回复成教的地位。
1991年苏联解体，俄联邦与成教达成共识，成教地位恢复，取代了政委在军队中的地位。
1992年在亚雷斯塔和冥土追魂的参与下“能力者开发计划”的研究取得重大进展，“能力者开发计划”在理论上被认为是可行的。
1995年科学家们向日本国会提出了建立“科学的学园都市”的议案。
1997年日本国会批准了建立“科学的学园都市”的议案，并在东京都西部划出一片广大的土地作为建设用地。
1998年学园都市正式破土动工。亚雷斯塔成为学园都市理事长。同年进行小当量海上核试验，宣布独立。
2000年学园都市向全世界披露了大批先进的，以领先至少三十年的先进医学技术为主的科学技术，以换取世界范围内科学侧的支持，同时学园都市在全球招募了数千名十岁以下儿童作为“能力者开发计划”的试验者。
2008年初经过多年努力研究和众多的流血牺牲，第一批等级1－4的诞生。同年，学园都市基础建筑竣工，树状图设计者也发射升空。
2009年学园都市又再在全球招募儿童作为“超能力者（人工圣人）开发计划”的试验者。“超能力者开发计划”正式开始。
2013年年末第一位超能力者（一方通行）诞生。“超能力者开发计划”宣布完成，同年弹道导弹核潜艇学园都市号叛乱，学园都市被证实具有二次核反击能力。
2014年八岁的御坂美琴进入学园都市，同年体细胞被采集
2015年十一岁的上条当麻进入学园都市，主角“回到”学园都市
2020年，剧情开始
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