首先自觉运用《参同契》的理论体系的，是热衷于外丹黄白术的炼丹家。战国时期墨派学者亦同神仙家合流，吸收墨派工匠们的冶金制造技术和经验，发展为外丹黄白术。
在《周易参同契》出世之前，便有《三十六水法》、《太清金液神丹经》、《黄帝九鼎神丹经》等丹法在方仙道中流传。
《参同契》中有“炉火之事，真有所据”的话，显然魏伯阳对汉代黄老道中承传的外丹黄白术极为精通，这本书无疑也将外丹学的理论发展到高峰。揣摩《参同契》的原义，决非排斥外丹黄白术，而是自信已达到当时金丹术理论的最高水平，以为道原一贯，可以内外兼举，服食、房中、行气三术相通，故可将金丹术置于其理论指导之下，因此一些学者断定其中含有外丹内容，并不为过。
唐代正是中国外丹黄白术发展的**时期，当时的外丹师皆奉《参同契》为圭臬，知道这本书隐藏着“夺天地造化之功，盗四时生成之务”的仙方，竭力在外丹黄白术中应用它。
今本《周易参同契》，大致保存了唐代本子的风貌，而《道藏》中所收“容”字号无名氏注本和阴长生注本实即出于唐代。此书由汉末魏伯阳、青州徐从事、淳于叔通三人相继着述而成，由于人元丹法阴阳交感之术最秘的是“火候”，而《参同契》恰是以外丹烧炼来隐喻其火候的。
这样，唐代外丹师很容易将《参同契》中关于爻象的论述比附外丹烧炼的炉火程序；形成用火喻交象的直符理论。唐代道士柳泌惑于《参同契》的龙虎铅汞之说，对《参同契》中“以金为堤防，水入乃优游”句望文生义，形成所谓铅汞派的柳泌丹法。据韩愈《故太学博士李君墓志铭》，“其法以铅满一鼎，按中为空，实以水银，盖封四际，烧为丹砂云”。
这样，以铅汞说解《参同契》的道士便制成**（HgO）和氧化铅（PbO）的混合物，以硫汞说解《参同契》的道士则直接以“硫黄烧豫章，泥汞相炼冶”，用硫和水银制造硫化汞（HgS）。尽管唐代外丹师依照《参同契》的文句进行过各种炼丹实验，他们千方百计从《参同契》中探索制造某种服后可以白日升天、不老不死的神丹的可能性，结果都役有获得成功。
梦寐以求服丹成仙的王公贵族和道士们为此付出了生命的代价，虽然直至近世还有人为揭开外丹学之秘而奋斗不息，可是唐代服丹致死的大量事实终于使繁荣至极的外丹黄白术迅速败落下去。人们开始怀疑，道士们按《参同契》制造的仙丹为何服而无验？《参同契》中隐藏的返老还童的仙术难道是外丹黄白之物吗？
早在南北朝时期，内丹仙学已在神仙道教中传开。隋唐道士苏元朗、司马承祯、孙思逸、刘知古、吴筠、罗公远、叶法善、张果、陶植、羊参微等，都对内丹仙学有所发展并留下一些内丹着作。
特别是唐末五代以来，以内丹说理解《参同契》的流派逐步压倒外丹派，成为仙学的主流。着名内丹学家钟离权、吕洞宾、崔希范、陈朴、陈抟、施肩吾、刘玄英、张伯端等以内丹仙学度人，奉《周易参同契》为丹经之祖，《参同契》作为仙家修炼秘典的价值被社会所公认。当时内丹仙学已发展到炉火纯青的境界，开始形成一些各具特色的门派。
这些内丹门派皆远溯黄帝、彭祖、王乔、赤松，依托老子。一派自称传自关尹子（唐代封文始真人），故称文始派。另一派自称传自东华紫府少阳帝君王玄甫（汉代人），故称少阳派。
文始派以虚无为本，以养性为宗，法本《老子》、《庄子》、《文始真经》，属最上一乘虚无大道，虚极静笃，大彻大悟，盗天地虚无之真机，顿超直入，齐是非，同人我，进入无天无地的混沌境界，修性而兼修命。少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，分炼精化气、炼气化神、炼神还虚诸步骤，次第分明，门派繁衍甚广。
自唐末五代以来，少阳派有钟离权、吕洞宾、陈抟、麻衣道者、火龙真人、刘操、张伯端等大开法门，历经宋、金、元、明、清几个朝代，逐渐形成南宗、北宗、中派、东派、西派、青城派、伍柳派等门派。
因而内丹仙学中有以文始派最高，以少阳派最大的说法。另有元、明间张三丰真人，综合了文始派和少阳派之所长，创三丰派（又称隐仙派），既不执于有为，又不执于无为，于阴阳栽接中创一清净法门，兼具南宗和北宗的特点。
这些众多的门派，从功法上讲，略分三类，其一是阴阳双修的栽接法门，其二是清净孤修的静坐法门，其三是阴阳栽接派和清净孤修派的结合体。
《参同契》所传内丹仙学的功法，以男女双修的阴阳栽接之术最为正宗。唐末五代以来，直接从《周易参同契》衍化出来的丹经，以《入药镜》、《悟真篇》、《敲爻歌》、《无根树》较为着名，而这些丹经实际上都是讲男女双修的阴阳派功夫的。
阴阳双修功夫以南宗为代表，由张伯端得吕洞宾丹诀真传，大开法门，传石泰、薛道光、刘永年、翁葆光、陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素耜、仇兆鳌、傅金铨等人。其实北宗马玉、宋德方、李双玉、张紫阳、赵友钦、陈致虚一脉，也是男女双修功法。另有陆潜虚所创东派，李涵虚所开西派，皆是阴阳功夫。男女双修、阴阳栽接的丹法又号人元大丹，是借《周易参同契》中的隐语逐代秘传下来的，张伯端的《悟真篇》就是一本全面阐述《参同契》功法的书。
《参同契》云：“物无阴阳，违天背元，牝鸡自卵，其雏不全”，说明男女双修的阴阳功夫是符合大自然本身的规律的。《参同契》中还有“同类易施功，非种难为巧”的话，说明人元大丹须用“竹破竹补，人破人补”之理，以同类阴阳（即男女）感应奏效。
这种功法是从树木的栽接术悟出来的，正如《无根树词》所云：“无根树，花正微，树老将枯接嫩枝。梅寄柳，桑接梨，人老原来有药医。自古神仙栽接法，传与修真作样儿”。此类功法须借用鼎炉琴剑、伴侣黄婆、龙虎并用、火药俱全，方能以人补人，以命接命，采取同类坎中真阳，达到返老还童的目的，有立竿见影之效。
《悟真篇》云：“阳里**质不刚，独修一物转羸尪”，“休施巧伪为功力，认取他家不死方。鼎内旋添延命酒，壶中收取返魂浆”，将《参同契》中这一功法披露给世人，自宋代以来，修之者众而成功者少，盖不得法诀故也。
金元以来，王重阳创立全真道，将内丹仙学与佛教禅宗相融，以清净孤修功法传道度人。清净孤修之术亦为王乔、赤松之真传，古称行炁之术，它和男女双修的合炁之术本来相互承接，仅是步骤不同，在功理上并无分歧。此术盖由古人受恒温动物（如熊）的冬眠现象启发而来。
清净功夫在“采大药”时有“大死七日”之景，此时人的基础代谢率降到最低点，有如冬眠，仙家称“若要人不死，须是死过人”，认为经此冬眠阶段，便可超脱生死了。另外，内丹家还留心于蛇的蜕皮现象，想通过修炼象节肢动物和爬行动物蜕皮那样脱胎换骨，得道成仙。
因之，清净丹法在得大药时有丹田火炽、两肾汤煎、眼吐金光、耳后生风、脑后鹫鸣、身涌鼻搐等“六根震动”之景，便被视为脱胎换骨的征兆。这种功法能在开发元意识的过程中产生顿悟现象，故不但与禅宗功夫有异曲同工之妙，且可得神炁交媾、性命双修、结胎成丹的效果。
然而自宋代以来，程朱理学在意识形态领域占据主导地位，封建礼教对人民的束缚越来越严，男女双修派的阴阳栽接功夫渐被社会舆论所不容。
这时，清净派的传人日益同阴阳派对立起来，斥男女双修为伤风败俗的邪道，斥阴阳栽接术为舍己求人，并以清净派的功法重新注释了《参同契》和《悟真篇》。
特别是清代以来，全真道中的龙门派极为兴盛，佛教禅宗中的临济宗亦兴旺起来，有“临济、龙门半天下”之说。龙门派为王重阳之徒邱处机所创，他十九岁出家，二十六岁从王重阳、马丹阳学道，年正少壮，不必象老年人那样靠阴阳栽接搭桥铺路，完全靠孤修自证的清净丹法成道。
而后伍冲虚和柳华阳开伍柳派丹法，着《天仙正理直论》、《仙佛合宗语录》、《金仙证论》、《慧命经》，为合会禅宗的清净功夫，在社会上流传甚广，遂使清净孤修派的丹法在社会舆论上压倒阴阳双修派，成为内丹仙学的主流派。清净派亦奉《参同契》、《悟真篇》为祖经，但给以清净功法的解释，同时对《入药镜》、《无根树词》、《敲爻歌》等丹经也重新作了解释。
这些丹经，例如《入药镜》，在明代收入《道藏》时作了删节，再加上许多年来各派丹家都以自己的观点注释这些书，使现在局外人很少能知道这些丹经的真面目了。
然而，清净功法不用彼家外鼎，不靠金钱权势，亦有其独到之处。清净丹法牢牢抓住“人能常清净，天地悉皆归”之旨，以“静极则阳生”为成功关键，以“回光返照”为宗门真诀，直至神归气复，三花聚顶，五气朝元，亦非等闲之辈所能修得！[bookid=2871585,bookname=《灵时代》]
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