此时的安徽已是一片慌乱，满目狼藉；省府安庆陷落，巡抚蒋文庆殉职，安徽南部失守，官军望风而逃；清廷已经失去了对安徽的完全控制。
在此局面下，朝廷任命周天爵为新任巡抚，当时周尚在宿州。不想，周天爵以政务、军治不可兼得力辞，清廷只好改任他为兵部侍郎，专司办理军务。
随后，周天爵上奏朝廷建议将省府临时迁往庐州，以便朝廷控制安徽大局，咸丰帝很快就准了他的奏章。
然后，改任李嘉端为安徽巡抚，命其总揽在皖事务。大约同时，吕贤基、李鸿章一行人来到了安徽。
吕贤基等人先到宿州于周天爵会面，两人商议后，决定传令各州县兴办团练，随即便派属下回乡，劝导乡民，加入团练入伍为勇。
李鸿章也在此列之中，他在合肥老家东乡，颇费一番心思后后，募得乡勇500余人，随后合入周天爵的军队，从而开始了文人李鸿章的南征北战。
第一次作战是剿捻。
太平军在南方起事后；捻军在山东、河南、江苏、安徽等地进行斗争相应，声势日渐壮大，成为清政府在北方的心腹大患。
当时，安徽外有太平军的威胁，内有捻军的反清斗争，一时间内外忧患，周天爵等清朝官员可谓是焦头烂额。
更为棘手的是，一旦皖北的捻军与太平军汇合，则安徽不保，彻底落入敌军之手。周天爵虽然老迈，但也深知其中之厉害，于是他首先把枪口对准了皖北的捻军，所谓的“先御内后靖外敌”。
周天爵先后镇压了定远的陆遇遐和毫州的曾纪黑两股捻军势力；李鸿章也随同前往参与了他的第一次战斗。
并且因为作战有功，被周奏赏六品衔，使得初涉战场的李鸿章对自己的军事才能信心大增。
5月，新任巡抚李嘉端抵达临时省府庐州后，随即调任李鸿章协办团练事务，对李甚为看重。
不久，已定都南京的太平天国开始大举北伐和西征，而安徽不可避免的首先遭受得到了攻击.
5月10日，林凤祥、李开方之北伐军占领滁州，19日又攻克林淮关，直到凤阳。
李嘉端胆战心惊，深知自己手中无兵可抵挡太平军的攻势；赶忙上奏咸丰帝请调江西、湖北的官军速往庐州解围。
幸运的是，北伐的太平军一路向北，并未进军泸州，李嘉端等人才得以逃过此难。
不过这还没完，胡以晃率领的西征军，随后攻入了安徽。随后，北伐军占领毫州，而西征军占据安庆，李嘉端困守的庐州腹背受敌，进退不能，简直惶惶不可终日。
不过，由于北伐军的使命是直取京城，很快便弃毫州，攻入河南，使得庐州的威胁大减。
但更为糟糕的是，西征军把安庆作为了大本营；太平军以此为根据地，盘据安徽，直指江西；不过在皖北倒未采取大的军事进攻。
李嘉端为了保住庐州，命张印塘、李鸿章分别带领乡勇驻扎在集贤关和运漕、东关。
当时集贤关是安庆北部的重镇；而东关是庐州的门户，又是漕粮的集散地和运输通道；而西征军的一大任务就是为太平天国筹集军粮和财政收入，自然不会放过东关。
胡以晃随后挥军攻下集贤关和运漕；李鸿章率清军退守东关。
奇怪的是，9月巡抚李嘉端奏赏李鸿章驻防东关‘抵抗太平军有功领六品顶戴蓝翎。
不过据时人记载分析，此次奏赏完全是李嘉端讳败为胜蒙混清政府的老把戏，李鸿章不战而退，何功之有？
据传闻，“李鸿章守漕运，上游有放河灯者，李大惊；以为太平军至，狂奔退兵山上”，如此草木皆兵，其功何来？
真是人怕出名，李鸿章受赏后不久；太平天国的核心人物之一翼王石达开亲赴安庆，主持西征事宜。石达开是太平天国前期领导人中军事造诣和作战能力最强的领袖，和后期的李秀成并成为军事双雄。
（罗尔刚先生曾有著《李秀成评传》，不可不读）
石达开达到以后，一改对皖北的军事策略，变守为攻，很快于10月5日派兵攻打东关。李鸿章与总兵玉山不能抵挡，狼狈出逃。太平军随即占领东关，并将运漕、东关的10余万石漕粮运往安庆和天京，以解太平军粮饷之所需。
消息报到北京，咸丰大怒，火速将李嘉端以作战不力之罪革职查办，以儆效尤。10月21日任命江忠源为新任安徽巡抚。
李鸿章东关兵败后，无处落脚，只好投奔吕贤基而去。
而后在11月，太平军胡以晃攻向庐州一带，14日攻下桐城等地，清军兵勇大多由农民临时补充，缺少操练，纪律涣散，一败涂地。
这种情况正应了李鸿章与李氏兄弟商议时的担心－－－－－－－(贤弟请想，朝廷派各省大臣回乡办勇，实是无奈之举；各路大臣多为科举出身之文人，不通带兵，不谙兵道；你我亦如此；乡民紧急充军，缺少演练；其军力不在八旗兵之上；一战之后，可想而知；倘若鲁莽前往，不仅难救乡里，反倒丧身与此。出师未捷身先死岂不违背你我之初衷”).
西征军锋芒直指吕贤基镇守的舒城，此时城内兵力甚少，几乎成为一座不设防的空城。
李鸿章闻讯，火速赶至舒城，与吕商议守城之事，但眼见舒城无兵可收，也无可奈何。只好劝吕逃走保命，以图日后。
但吕贤基这一代老臣深感无颜面见朝廷，抱定一死殉国之心，不肯离去。
李鸿章本想逃走，又碍于面子，思量再三，保命要紧，最终上马出城而去。
11月29日，舒城陷落，刑部主事朱麒祺被杀，吕贤基投水自尽，一死以谢国人。
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